В последовавшие годы продолжался внутрииудейский конфликт. Когда в 161/160 году до н. э. Иуда разгромил армию под командованием селевкидского полководца Никанора, поход против него начал новый царь Деметрий I. Хотя в 160 году до н. э. Иуда потерпел поражение и погиб, повстанцы уже установили отношения с Римом, и брат Иуды Ионафан на протяжении нескольких лет продолжал борьбу против селевкидского военачальника Бакхида. Мирное соглашение с Селевкидами позволило ему укрепить свои силы; его оплотом стал Михмас (или Михмаш). Поворотный момент восстания случился в 150 году до н. э., когда Ионафан воспользовался шансом, который дали ему династические распри в Селевкидском царстве. Он предложил свои услуги узурпатору Александру Бале, получив взамен не только должность первосвященника, но и пост
Взлет и падение греческих царств в Центральной Азии
Одновременно с событиями в Иудее Селевкиды боролись за удержание власти над восточной, крупнейшей, частью своей империи. Хотя в конце концов они утратили свои так называемые Верхние сатрапии на территории современных Ирана и Афганистана, эллинская культура и эллинская общественная организация продолжали процветать там до конца II века до н. э., оказав значительное влияние на искусство и культуру Центральной Азии.
Лояльность «Верхних сатрапий» зависела от способности монарха обеспечить их защиту против набегов кочевых племен и внешних вторжений. Своими великими походами между 210 и 204 годами до н. э. Антиох III восстановил здесь свою власть, вынудив сатрапов-ренегатов и местных династов признать его в качестве верховного владыки. Однако его поражение в войне с римлянами и последовавшие затруднения создали вакуум власти. Более остальных от упадка Селевкидов выиграло Парфянское царство.
Начало ему было положено в 247 году до н. э., когда одноименная сатрапия на северо-востоке Ирана откололась от Селевкидского царства, а ее сатрап Андрагор объявил себя царем. В 238 году до н. э. его владения были завоеваны иранским народом парнов, с той поры известных как парфяне. Антиоху III, не способному восстановить здесь свою власть, не оставалось иного выхода, кроме как признать Аршака II в качестве царя и потребовать в 209 году до н. э., чтобы парфянский правитель признал его верховенство. Когда на престол взошел Митридат I (171–138 гг. до н. э.), представилась возможность начать завоевания: Антиох IV уделял все свое внимание египетским походам, а потом — иудейским проблемам. В первые годы правления Митридат завоевал Герат и часть Бактрии (см. карту 6). Гибель Антиоха IV во время похода против парфян и последовавшие за ней династические распри позволили Митридату постепенно завоевать селевкидские земли к востоку от Тигра (Мидию и Персию), а также часть Месопотамии и Вавилонии. В 141 году до н. э. в руках Митридата оказалась первая селевкидская столица, названная по имени основателя династии — Селевкия на Тигре, ставшая западной столицей Парфянской империи. Территории, не покоренные парфянами, оказались во власти местных династов, известных по монетам. Хотя поздние Селевкиды продолжили борьбу против парфян, им так и не удалось возвратить утраченные области. Когда селевкидские цари лишились всех своих земель в Иране, жившие на крайнем востоке их владений бактрийские и индийские греки оказались отрезаны от остального эллинистического мира.