Но и таким — ограбленным и скованным — знаменитый узник продолжал внушать опасения своим тюремщикам. Во время его прогулок по террасе возле Тауэра постоянно толпились люди, желавшие взглянуть на героя. Действительно, Рэйли представлял редкое зрелище. Пятидесятилетний, но всё ещё великолепно сложённый, с загорелым оливковым лицом, густой бородой, длинными усами и роскошными смоляными волосами, которые его слуга ежедневно убирал в течение часа, он появлялся на террасе в костюме, усыпанном с ног до головы рубинами, жемчугом и бриллиантами. Каждый видевший его уходил с убеждением, что созерцал красивейшего мужчину своего времени и символ величия Англии.
Однако со временем здоровье Рэйли пошатнулось. Человек, привыкший к деятельной жизни на корабле и в седле, годами жил и спал в каменной клети, где воздух был спёрт и никогда не топился камин. Постепенно Рэйли превратился в тень того красавца, который некогда блистал при дворе. Холодными зимами его тело коченело, одна рука потеряла всякую способность двигаться, на другой вспухли вены. Описывая свои страдания в письме к государственному секретарю Роберту Сесилу, Рэйли с горечью прибавлял: «Я не жалуюсь, я знаю, что это было бы напрасно». Тюремный доктор, осмотрев больного, нашёл, что левая сторона его тела совершенно отнялась, пальцы на левой руке сведены, а язык почти не ворочается. Он рекомендовал перевести страдальца в более теплое помещёние. Рэйли поселили в Садовом доме, где его здоровье пошло на поправку.
В тюрьме Рэйли из человека действия поневоле превратился в учёного и мыслителя. В надежде найти универсальное средство от человеческих недугов, он превратил одну из комнат своей тюрьмы в химическую лабораторию, и дни напролёт просиживал в ней, вопрошая природу о её тайнах. Из-за этих занятий на Рэйли стали коситься как на колдуна и безбожника. Поговаривали, что в его комнате, уставленной колбами и ретортами, «обитали все духи, кроме Духа Божьего».
Во время этих опытов он изобрёл так называемую «Великую микстуру Рэйли», состоявшую из смеси мускуса, оленьего рога, мяты, алоэ, сахара, шафрана, спирта и ещё двадцати других ингредиентов. Это сильнодействующеё тонизирующеё средство было в ходу у сквайров, лордов и королей. Французский медик Лефевр по приказанию своего короля написал целую книгу о её целебных свойствах. Жена Якова, королева Анна, была убеждена, что обязана ей своей жизнью, а её сын Карл I и внук Карл II не принимали никакого другого лекарства. «Великая микстура Рэйли» применялась ещё и в XIX веке.
Его мысли также сильно занимали страдания моряков от нехватки пресной воды. Он занялся этим вопросом и однажды успешно извлёк из солёной воды соль. Один современник передаёт об этом следующее: «Он рассказывал мне, что открыл средство превращать солёную воду в свежую, сладкую. Для этого надо устроить медную печь в форкастле[43] корабля, и перегнанная солёная вода, вытекая через четверть часа из трубы, делается сладкая, как молоко». Это драгоценное изобретение Англия потеряла вместе с головой Рэйли, и только двести лет спустя учёные вновь открыли способ перегонки солёной воды в пресную.
Садовый дом между тем стал не только державным двором английской науки, куда стекались учёнейшие люди. Однажды сюда приехал наследник престола принц Генри. Выйдя от Рэйли после нескольких часов беседы, юный принц в сердцах воскликнул:
— Никто, кроме моего отца, не держал в клетке такой птицы!
Движимый искренним преклонением перед умом и заслугами старого воина и государственного мужа, он сам выбрал Рэйли своим наставником. Узник почувствовал себя Аристотелем при новом Александре и вознамерился воспитать из юноши идеального государя. Он часами беседовал с принцем о дальних плаваниях и неведомых землях. Для него на одиннадцатом году своего заточения Рэйли окончил первую часть «Всемирной истории» — труда, не имевшего в Англии предшественников, зато породившего сотни последователей (закончить вторую часть ему не позволила смерть). Стремясь обратить внимание наследника на необходимость развития английского флота, он также написал «Трактат о кораблях», где на двести лет предвосхитил принципы военного кораблестроения, и «Замечания о морской службе». Свои принципы государственного управления он изложил в «Прерогативах парламента» и «Правительственном совете». После этого к его словам стал прислушиваться сам Яков. Когда встал вопрос о династических браках — принца Генри и его сестры, принцессы Елизаветы, Рэйли по просьбе короля составил обстоятельное записки, в которых отговаривал Якова от предполагавшихся брачных союзов с Савойским и Пьемонтским домами, состоявшими в родстве с испанским королём Филиппом III. Казалось, что Рэйли основал в Тауэре второе правительство.
К несчастью, принц Генри умер в возрасте 18-ти лет, не то судьба Рэйли, быть может, сложилась бы иначе.
