Как бы то ни было, над ним повисло обвинение в государственной измене. Рэйли был так ошеломлён, что на мгновение совершенно растерялся и пал духом. Заключённый в Винчестерский замок, он попытался покончить с собой ударом ножа — к счастью, клинок скользнул по ребру, нанеся лишь незначительную рану. Но на суде к нему вернулись храбрость и самообладание. Он сам защищал себя, постоянно ставя в тупик обвинителя, сэра Эдварда Кока, который именовал подсудимого не иначе, как «гадюкой», «гнусным и отвратительным предателем», «исчадием преисподней», «чудовищем с английским лицом и испанским сердцем» и т. п. Процесс велся с грубейшими нарушениями закона. Один из судей, сэр Френсис Годи, на смертном одре признался, что «никогда прежде английская юстиция не попиралась столь грубо и беззастенчиво, как в ходе осуждения Уолтера Рэйли». Некоторые присяжные просили короля о помиловании. Тем не менее, Рэйли был признан виновным и приговорён к смертной казни. Приговор гласил: «Вас повезут по улицам на телеге к месту исполнения приговора, где повесят, но ещё живым вынут из петли, обнажат тело, вырвут сердце, внутренности и половые органы и сожгут их на ваших глазах. Затем вашу голову отделят от тела, которое расчленят на четыре части, кои выставят на обозрение толпы, коли на то будет воля короля; и да смилуется над вашей душой Господь».
В ночь накануне ожидаемой казни Рэйли написал прощальное письмо Бесс: «С этими последними строками ты, моя дорогая жена, получишь мои последние слова. Я посылаю тебе свою любовь, — её ты сможешь сохранить после моей смерти… По своей воле я никогда бы не сделал тебя несчастной, дорогая Бесс. Пусть горе уйдёт со мной в могилу и упокоится в прахе. Господь не позволяет мне ещё раз увидеть тебя в этой жизни; перенеси это с терпением, как подобает твоему храброму сердцу».
Но ещё больше страданий, чем предстоящая вечная разлука, ему доставляла мысль том, что Бесс и его сын Уот будут обречены на нищету. Поэтому бо́льшую часть своего обширного послания он посвятил хозяйственным распоряжениям и подробному перечислению средств, на которые могла бы существовать его семья.
Однако Яков не решился начать своё царствование с казни национального героя Англии, тем более что несправедливый суд только увеличил славу и популярность Рэйли. В последний момент казнь отменили. Правда, Рэйли, в отличие от Кобхэма и других заговорщиков, не получил ни помилования, ни свободы. Из Винчестера его перевели в Тауэр, оставив в силе смертный приговор.
Рэйли поместили в верхнем этаже Кровавой башни. На первый взгляд условия его содержания не были чрезмерно суровыми. Его комната выходила на террасу, известную ныне как Прогулка Рэйли. С одной стороны террасы открывался вид на пристань и реку, с другой — узник мог любоваться наместничьим садом и зелёным лугом. Ему прислуживали три лакея, а друзьям и родственникам было разрешено посещать узника. Встав на рассвете, Рэйли старательно причесывал голову и бороду, завтракал, целое утро писал, затем гулял в саду, играл в мяч и выпивал рог доброго английского эля. За обедом он принимал гостей, развлекая их разговорами о Виргинии, Гвиане и морских сражениях.
В первые дни своего заточения Рэйли не мог и подумать, что ему придётся провести за решеткой бесконечные тринадцать лет. Правда, однажды для него блеснул луч надежды: король объявил о своём намерении посетить Тауэр с королевой, принцами и всем двором с целью открыть двери темниц и выпустить заключённых. Отчасти всё так и произошло. Яков со свитой явился в Тауэр, но накануне его торжественного въезда Рэйли перевезли во Флитскую тюрьму, так что король только прошёлся с задумчивым видом взад-вперёд по его пустой комнате. А спустя несколько дней по окончании королевского визита Рэйли возвратили на его прежнее место.
Узник окончательно убедился, что его намерены держать взаперти до скончания века. Его жена переселилась в Тауэр и родила здесь второго сына Кэрью. Она периодически ездила в Уайтхолл и Виндзор, чтобы подать очередное ходатайство о помиловании мужа, но её старания оставались тщетными. Между тем об освобождении Рэйли хлопотали даже иностранные дворы: французский король готов был принять его на службу; голландцы с радостью послали бы его в Индию; датский король желал видеть его адмиралом своего флота; итальянские государи наперебой искали его услуг. Однако всё это только ещё больше пугало Якова, и он раздавал поместья Рэйли своим фаворитам, словно речь шла об имуществе мертвеца. Да он и в самом деле был мёртв в глазах закона.
