Папа прибыл в Рим 18 сентября. Сначала он поселился в Латеране, затем через три дня в Ватикане, где он чувствовал себя в большей безопасности рядом с замком Сант-Анджело. По словам хронистов, он был подавлен и унижен: "он был глубоко опечален, потому что знал, что не может укрыться нигде, кроме Рима; у него повсюду были враги, поэтому трудно было бы найти другой город в Тусции, который мог бы защитить его от Колонна", — писал Уильям Хандлби. Он прожил еще три недели и умер в ночь с 11 на 12 октября. О его кончине начали циркулировать многочисленные злобные слухи, которые Ногаре с удовольствием вспоминал и распространял во время судебного процесса 1311 года. Говорили, что он был "разгневан" из-за невозможности отомстить своим врагам, и назло себе пытался совершить самоубийство, перестал есть, бился головой о стены, пытался задушить себя, грыз свои руки, согласно хроникам Сен-Дени и Жоффруа Парижского. Папа грыз свою руку "как собака" (!) сообщает
Другие говорили об отравлении, дизентерии, лихорадке, респираторных заболеваниях и травмах. Психологическая травма, полученная 7 сентября, способствовала тому, что эта смерть стала подозрительной. Не устанавливая прямой связи между причиной и следствием, можно предположить, что шок от нападения на этого семидесятитрехлетнего человека способствовал ускорению его смерти, тем более что Бонифаций имел слабое здоровье. Весь его понтификат был отмечен частыми и мучительными болезнями, которые ожесточили его и без того скверный характер. В апреле 1296 года он отказался от поездки из-за "мучительной и опасной" болезни; в начале лета 1297 года его здоровье вызывало тревогу; в августе 1298 года посланников короля Арагона не смогли принять, потому что Папа не оправился от болезни; в конце месяца у него случился рецидив; в декабре он написал королю Франции, что еще не оправился от "тяжелой и продолжительной" болезни, из-за которой он "отныне чувствует тяжесть старости"; в июле 1299 года представители графа Фландрии писали, что "болезнь овладела им", что он "близок к смерти", и что "никто не может сказать, сможет ли он прожить долго или даже вернуть себе полное здоровье"; в ноябре он сообщал, что его поразила "продолжительная болезнь", которая угнетала его "непрерывным томлением". В 1301 году кардинал Ландольфо Бранкаччи писал: "У него есть только язык и глаза, так как во все остальные части его тела сгнили. Поэтому я считаю, что он долго не протянет… Вы правы, мы имеем дело с дьяволом". Вымышленная пощечина Ананьи, если и не убила его на месте, то стала тем ударом, последствия которого окончательно пошатнули его здоровье и свели его в могилу месяц спустя.
Бонифаций VIII был похоронен в базилике Святого Петра в папском облачении, в погребальном саркофаге, который он построил для себя. Церемония была нарушена сильной грозой, которую истолковали как знак божественного гнева. "Со всех сторон замка Сант-Анджело раздавался гром и были видны необычные молнии, которых не было в соседних областях", — говорится в хрониках Сен-Дени.
Для Филиппа Красивого смерть Бонифация VIII была неоднозначным событием. С одной стороны, он избавился от грозного врага и вышел из щекотливой ситуации, исход которой оставался неопределенным. Угроза отлучения и раскола во Французской церкви была предотвращена; был спасен проект созыва церковного собора, деятельность которого было бы очень трудной и спорной, без гарантии благоприятного исхода. Но, с другой стороны, обстоятельства смерти Папы через месяц после нападения, в которой официальному представителю короля принадлежала главная роль, вызвали подозрения во всем христианском мире. Это был второй Папа Римский подряд, умерший при ненормальных обстоятельствах. Вопрос о ереси Бонифация не был решен. Для того чтобы честь короля была очищена, а его поведение оправдано, необходимо было провести суд над покойным Папой, чтобы показать, что Филипп был прав. Ногаре, который был главным участником интриги, навязчиво преследовал эту цель.
