Король был менее заинтересован в третьей теме обсуждавшейся на соборе — реформе церкви, которая также затрагивала вопрос о взаимоотношениях между клириками и мирянами в королевской администрации. Это связано с тем, что здесь суверен в большей степени находится в положении обвиняемого. Жалобы были связаны с растущим вторжением светской власти в церковную сферу под влиянием королевских легистов. В то время церковная и гражданская сферы были настолько переплетены, что малейшая попытка внести ясность неизбежно вызывала споры. Однако легисты были настойчивы, и это привело к появлению новых практик, которые церковные власти считали злоупотреблениями. Собранные в епархиях жалобы касались узурпации апелляций из церковных судов в светские суды, препятствования осуществлению церковной юрисдикции, нарушения церковных иммунитетов и расхищения церковного имущества лицами, осуществляющими королевские и опекунские права. Но собору оставалось только составлять перечень злоупотреблений: что еще он мог сделать, кроме как пожаловаться Папе, у которого не было ни желания, ни средств противостоять королю? Никаких конкретных мер в этой области принято не было.
Такое же бессилие было проявлено в отношении моральной реформы клириков, канонов и римского двора. Сетования на бродяжничество монахов, невежество, рассеянность, накопительство, симонию, разврат многих клириков привели лишь к благочестивым пожеланиям. "Моральный уровень духовенства упал очень низко, — отмечает Гийом Ле Мэр, — до такой степени, что во многих местах священники считаются мирянами даже более мерзкими и презренными, чем евреи". Это говорит о многом! Были приняты постановления, регламентирующие одежду клириков на службах (
Однако некоторые внутренние проблемы были все же решены, например, разногласия между францисканцами: булла
6 марта 1312 года состоялось торжественное закрытие собора. Король к тому времени уже две недели как уехал. В соборе, после мессы, Папа подвел итоги, суммировал указы и вскользь затронул вопрос, который не поднимался в публичных дебатах: посмертный суд над Бонифацием VIII. Вероятно, именно во время тайных переговоров, которые он вел с королем за кулисами собора, они договорились закрыть этот вопрос. Для проформы Климент V в последний раз зачитал эдикт, приглашая тех, у кого есть показания по этому делу, так или иначе, явиться в апостольский трибунал. Поскольку никто являться не собирался, дело было закрыто. После прочтения