Португальский принц Жоан радушно встретил русскую эскадру, помог, чем смог. Адмирал донес Александру обо всем и сообщил, что корабли настолько ветхи, что раньше весны не смогут выйти в море. На следующий день английская эскадра блокировала Лиссабон и не пустила туда отставший шлюп «Шпицберген». Со стороны материка вошли в Лиссабон французы генерала Жюно. Португальский принц не захотел быть вассалом Бонапарта и отплыл с двором в Бразилию. Наполеону эта страна была нужна для удушения Англии континентальной блокадой. Поэтому еще до прихода Жюно в Лиссабон он просил Александра через посла подчинить русскую эскадру Парижу, а заодно и приструнить.
«Было бы хорошо, если бы ваше величество уполномочили графа Толстого, посла в Париже, иметь власть над этой эскадрой, чтобы в случае необходимости можно было пустить их в ход, не ожидая прямых указаний из Петербурга. Это положило бы конец недоверию, которое иногда проявляют командиры к чувствам Франции».
Александр I не замедлил указатй Сенявину:
«Признавая полезным для благоуспешности общего дела и для нанесения вящего вреда неприятелю, предоставить находящиеся вне России морские силы наши в распоряжение его величества императора французов, я повелеваю вам, согласно сему, учреждать все действия и движения вверенной начальству вашему эскадры, чиня неукоснительно точнейшие исполнения по всем предписаниям, какие от его величества императора Наполеона посылаемы вам будут».
Более того, осенью, когда французы под натиском десанта англичан отступали из Лиссабона, Сенявин получил инструкцию:
«В случае, когда эскадра, под начальством вашим состоящая, подвергнется нападению англичан, неприятель будет отражен и честь российского флота защитится; если же ваше превосходительство атакованы были бы гораздо превосходящими силами и нашлись в совершенной невозможности не только к сопротивлению, но и к защите, в таком случае император предоставляет благоразумию вашему решиться, буде не останется уже никаких других средств, сняв людей, корабли затопить или сжечь».
