Итак, перед Сенявиным вставал выбор: или погибнуть в бою с превосходящим в силах неприятелем, или уничтожить корабли. И то и другое сулило гибель эскадры и жертвы людей. И Сенявин, будучи наделен неординарными способностями, нашел беспрецедентный в истории дипломатии и войн выход. Адмирал вступил в переговоры с неприятелем, адмиралом Коттоном, об интернировании эскадры в английских портах. Сенявин, вопреки указаниям царя, брал на себя ответственность перед родиной и историей, но ни один корабль, ни один человек не подверглись бесчестью. Согласно договору, подписанному 23 августа 1808 года, российские военные корабли следуют в Англию и содержатся там в залоге, а после окончания войны возвращаются России. Весь личный состав отправляется на английских судах в Россию. Таким образом мудрость и инициатива Сенявина сберегли для государства сотни тысяч червонцев.
31 августа 1808 года русская эскадра под Андреевским флагом покинула Лиссабон. В устье Таго к Сеня-вину присоединился Коттон. Будучи старшим по чипу, Сенявин во время плаванья командовал соединенными эскадрами. Со стороны можно было подумать, что идут союзники. В конце сентября эскадра отдала якоря в Портсмуте, ей были оказаны все почести, полагающиеся по международному праву: гремели салюты, били барабаны. Англичане были поражены: они надеялись увидеть позорный привод неприятельской эскадры, а вместо этого в их порту гордо развевались неприятельские флаги. Такого события еще не было в истории Англии.
Адмирал Коттон подвергся резким нападкам и был отдан под суд20. Его обвинили в том, что он вышел из пределов инструкции, в результате чего русская эскадра не досталась в собственность Англии21. В парламенте были предъявлены запросы, королю подавали адреса; в одном из них было прямо сказано, что «потеря сражения вследствие измены была бы менее унизительна для англичан, чем принятие условий Сеняви-на». Лиссабонский договор иначе не называли, как «посрамление чести английской нации».
Весной 1809 года с открытием навигации адмирал и весь экипаж эскадры на английских транспортах отправились в Россию.
По приходе в Ригу победителю французов и турок объявили, что он не будет принят ко двору. Александр не пожелал видеть адмирала, увенчавшего славой Россию на море в годы военных неудач на суше.
Сенявина назначили главным командиром Ревель-ского порта, подальше от столицы.
Вспыхнула Отечественная война 1812 года, и через неделю Сенявин отправил рапорт царю.