Молодой курсант активно работал на занятиях, а после их окончания неоднократно просил преподавателей позаниматься с ним дополнительно. Огромная жажда знаний и трудолюбие делали свое дело. Там же Сергей проникся огромной любовью к морю, чему не могла помешать даже обнаружившаяся слабость к качке. «Трави, но не теряй самообладания!» – говорили старые моряки, и он свято выполнял это требование. Уже к концу второго курса он вошел в число лучших курсантов и за успешно проведенную летнюю практику был премирован начальником училища. На четвертом курсе Лисину как отличнику предоставили персональную стипендию Центрального комитета ВЛКСМ. Потому неудивительно, что Сергей Прокофьевич был выпущен лейтенантом на месяц раньше основного потока в мае 1936 года.
Первым подводным кораблем, на котором пришлось служить впоследствии знаменитому подводнику, стала достраивавшаяся на Балтийском заводе в Ленинграде субмарина Щ-313. Ее экипаж только формировался, и постоянный командир – Иван Александрович Немченко – был назначен в августе. Осенью 1936-го лодка успела осуществить несколько пробных выходов в море и отработать первые задачи курса боевой подготовки, но с началом зимы Финский залив замерз, и учебу пришлось прекратить. Когда в мае следующего года залив очистился ото льда, команда уже знала, что вместо продолжения боевой учебы ей предстоит передислокация в состав Северного флота по Беломорско-Балтийскому каналу. Летом 1937-го Щ-313 перешла из Ленинграда в главную базу Северного флота – Полярный, после чего в соответствии с существовавшей в те годы системой наименования подводных кораблей была переименована в Щ-401. Накануне перехода на лодку назначили нового старпома старшего лейтенанта Михаила Петровича Августиновича, с которым Лисин сразу сдружился и от которого почерпнул немало полезного. Другим важным знакомством в жизни Сергея Прокофьевича стала молодая девушка Тоня, которая вскоре стала его любимой и единственной женой.
Долго служить на Севере Лисину не пришлось. Уже осенью того же 1937 года как отличного штурмана его направили на обучение в командный отдел Учебного отряда подводного плавания имени С. М. Кирова в Ленинграде, который в мае следующего года он с отличием окончил. За распределением вызвали в Москву. Там Сергей Прокофьевич узнал, что его собираются назначить в Управление военно-морских учебных заведений. И снова, как это уже было в свое время в комсомоле, он не проявил ни малейшей заинтересованности в том, чтобы перейти на руководящую работу. Лисин просился назад, на подводные лодки, но ему отказали. Тогда пришлось «воспользоваться» личными связями. На встрече с бывшим комиссаром училища, а теперь начальником Политуправления ВМФ П. П. Лаухиным Сергей Прокофьевич страстно просил вернуть его на флот. «Значит, в Управлении вмузов служить не хочешь. А на фронт хочешь?» – спросил Лаухин.
