Тем не менее служба на республиканской С-2 не прошла даром. Именно на ней Сергей Прокофьевич научился решать тактические задачи, руководить экипажем и чувствовать себя уверенно в любой обстановке. Близкое знакомство с иностранной техникой и боевыми возможностями немецких и итальянских кораблей позволило ему сформировать свое собственное мнение о границах дозволенного для подлодок того времени. Это выгодно отличало его от 90 процентов остальных советских подводников, которые, варясь в собственном соку, имели преувеличенное представление о вероятном противнике, что в боевых походах зачастую оборачивалось скованностью и безынициативностью.
К концу 1938 года чаша весов в Гражданской войне окончательно склонилась в пользу франкистов и советское руководство поспешило отозвать своих специалистов домой. После испанской «стажировки» прекрасно зарекомендовавший себя Лисин считался уже опытным подводником, способным решать любые задачи. Еще 2 октября состоялся приказ наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова о назначении Сергея Прокофьевича командиром новейшей подводной лодки С-7, которая достраивалась на заводе «Красное Сормово» в городе Горьком (ныне Нижний Новгород) и должна была в ближайшем будущем пополнить ряды Краснознаменного Балтийского флота (КБФ).
С-7 принадлежала к подклассу средних субмарин последнего предвоенного поколения (так называемая IX-бис серия), пришедшего на смену знаменитым «щукам». Данный проект разрабатывался по советскому заказу немецки ми инженерами, а затем перерабатывался под установку советских приборов и механизмов. Тип С, или, как их называли на флоте, «эски», считались наиболее совершенными, удобными в управлении и хорошо вооруженными советскими лодками. Они были оснащены четырьмя носовыми и двумя кормовыми торпедными аппаратами с двойным запасом торпед, двумя пушками – 100– и 45-мм, обладали скоростью в 19,5 узла и отличной маневренностью. Служило на «эске» сорок пять моряков, в том числе восемь человек командного состава. Из недостатков типа С можно отметить лишь сравнительно большие размеры – длина 77,7 метра и 840 тонн надводного водоизмещения, что затрудняло действия в мелководных районах, которыми столь изобилует Балтийское море.
Сразу после прибытия к новому месту назначения Лисин взялся за сколачивание экипажа и организацию помощи рабочим со стороны моряков в достройке корабля. А она затягивалась. С-7 была спущена на воду 5 апреля 1937 года, но только весной 1939-го, после того как Волга вскрылась ото льда, была готова к переходу в Ленинград по Мариинской водной системе. 3 июня лодка прибыла на Балтийский завод в Ленинграде, игравший роль сдаточной базы, где до сентября проходила швартовные испытания[73]. Между 25 сентября и 17 ноября субмарина полностью выполнила программу ходовых испытаний, но государственных пройти не успела из-за начала войны с Финляндией – Финский залив оказался в зоне боевых действий. Крайне суровая зима 1939/40 года привела к тому, что испытания возобновились только 20 мая 1940 года. Они завершились полным успехом 30 июня, и 7 августа на корабле подняли военно-морской флаг и его включили в состав ВМФ[74]. В сентябре лодка перешла в Либаву[75], где на тот момент базировались остальные корабли 1-й бригады подлодок КБФ, куда вошла С-7. После устранения нескольких мелких неисправностей и испытаний новых устройств с января 1941 года субмарина приступила к отработке вступитель ной задачи, а с начала апреля – курса боевой подготовки подлодок. Благодаря усилиям командира, сумевшего обучить и сплотить экипаж, а также продемонстрировавшего свои военные таланты, сдача задач курса осуществлялась без сучка и задоринки. До 16 июня были сданы на отличные и хорошие оценки все задачи, где оценивались способности командира и экипажа к управлению кораблем и ведению боевых действий в простых условиях обстановки. Подводники даже успели отработать четырнадцать учебных торпедных атак по эсминцу «Энгельс», имитировавшему корабль противника. Не вызывает сомнения, что до конца года экипаж успел бы перейти в первую линию и войти в число лучших на флоте, но судьба распорядилась иначе. Спустя три дня после сдачи последних задач С-7 вышла для несения дозора на входе в морские ворота Риги – Ирбенский пролив. Здесь она и встретила начало Великой Отечественной войны.