В то время любому из советских людей было понятно, о каком фронте идет речь. С лета 1936 года весь мир напряженно следил за обстановкой в Испании, на полях которой развернулась схватка между силами Республики, которую поддерживали либеральные и коммунистические силы, и войсками мятежного генерала Франко, нашедшего поддержку у германских нацистов и итальянских фашистов. В республиканском военно-морском флоте имелось несколько подводных лодок, но их боевая деятельность по ряду причин оказалась далеко не блестящей. На нее в первую очередь влияло техническое состояние самих субмарин, которые длительное время не имели нормального технического обслуживания. Многие из кадровых офицеров и технических специалистов сбежали к франкистам, а морякам-республиканцам не хватало знаний, чтобы умело обслуживать свою материальную часть. К тому же командовавшие подлодками испанские офицеры в своем большинстве либо тайно симпатизировали мятежникам, либо не считали возможным убивать испанцев, оказавшихся «по другую сторону баррикады». Такое положение дел требовало замены офицерского корпуса подводных (да и не только подводных) сил на советских командиров, и Лисину посчастливилось стать одним из шестерых советских подводников, принявших участие в Гражданской войне в Испании. Первые наши подводники – Иван Алексеевич Бурмистров и Герман Юльевич Кузьмин – прибыли в Испанию в январе 1937 года, а Сергей Прокофьевич стал последним. Он прибыл в главную базу республиканского флота Картахену в конце июня 1938 года, где получил псевдоним дон Серхио Леон и назначение на должность старшего помощника подводной лодки С-4. Командиром этого корабля являлся уже упоминавшийся Г. Ю. Кузьмин. Под его руководством Лисин настойчиво изучал устройство иностранной субмарины, налаживал отношения с испанским экипажем. Уже спустя пару недель Сергей Прокофьевич вошел в круг своих основных обязанностей и даже научился отдавать команды на испанском языке. Ходить в боевые походы на С-4 ему не довелось, поскольку в августе субмарина стала в текущий ремонт, продолжавшийся фактически до момента окончания Гражданской войны. Тогда Лисина перевели на однотипную С-2, которой командовал другой талантливый советский офицер – капитан-лейтенант Владимир Алексеевич Егоров. Он служил на подводных лодках с момента окончания училища имени Фрунзе в 1933 году, в 1935-м экстерном сдал экзамены по программе Специальных курсов комсостава флота, спустя два года – точно таким же образом сдал выпускные экзамены УОППа. Как отличника и талантливого организатора боевой подготовки Егорова в 1936 году наградили орденом Ленина, что в то время являлось высшей наградой СССР. Встреча с этим одаренным подводником завершила формирование Сергея Прокофьевича как командира. С конца августа по конец октября С-2 совершила тринадцать кратковременных выходов в море в основном для несения дозорной службы у побережья или для перевозки почты из Барселоны на Балеарские острова, в ходе которых прошла более 6000 морских миль. Под руководством опытного наставника молодой офицер привык действовать уверенно в боевой обстановке. Правда, ходить в боевые атаки С-2 не довелось, хотя встречи с кораблями франкистов в море периодически происходили. Вот как Лисин вспоминал об одной из них:
