Первые два дня начало войны никак не ощущалось. Только в ночь на 24 июня с мостика находившейся в надводном положении «эски» обнаружили два торпедных катера, которые дали правильные опознавательные сигналы (случайно немецкий и советский опознавательный сигнал на эти сутки совпал). Немцы – а это была пара их «шнелльботов», вышедшая охотиться на наши корабли у латвийского побережья, – также некоторое время были сбиты с толку, но по силуэту опознали в подлодке противника. Начав сближаться с катерами для их лучшего опознания, Лисин внезапно подвергся торпедной атаке и артиллерийско-пулеметному обстрелу. Только своевременное переложение руля спасло корабль – одна из торпед прошла параллельно борту на расстоянии 1–2 метра. Сразу после этого лодка пошла на погружение. Она еще не успела уйти на глубину, как над ней взорвались четыре глубинные бомбы. Субмарину сильно встряхнуло, и она буквально упала на грунт на глубине 58 метров. Из-за короткого замыкания на электроподстанции в шестом отсеке возник пожар. В этой критической ситуации командир сохранил самообладание и спокойным и четким голосом отдал приказы о ликвидации возгорания. Спустя пару часов субмарина всплыла и для осмотра повреждений направилась в близлежащий порт Виндава[76]. Опасность, которой подвергалась С-7 в этом боевом столкновении, не стоит недооценивать – спустя несколько часов эта же пара катеров потопила однотипную С-3, пытавшуюся вырваться из осажденной немцами Либавы. В самой Виндаве обстановка тоже была весьма беспокойной – в течение суток стоянки в порту артиллеристам «эски» пришлось принять участие в отражении восьми воздушных налетов. Осмотр повреждений показал, что от пулеметного обстрела пострадали находившиеся в надстройке трубопроводы системы вентиляции цистерн главного балласта. Продолжать поход с такими повреждениями было нельзя, и утром 25 июня С-7 перешла в Усть-Двинск, а спустя два дня из-за эвакуации порта – в гавань Куйвасте в Моонзундском проливе.
Обстановка, начавшая складываться с первых дней войны на Балтике, весьма отличалась от той, которую рисовали в штабе КБФ в ходе предвоенного планирования. Немцы не только не предпринимали попыток прорваться в Финский и Рижский заливы, высадить десанты на побережье, но даже не выделили для действий на Балтике сколько-нибудь крупных надводных кораблей. Лишь многим позднее в штабе Балтфлота поняли немецкий замысел: не вступая в крупные морские бои, дождаться, когда войска победоносного вермахта захватят с суши все советские военно-морские базы, включая Ленинград, после чего кораблям КБФ останется затопиться или попытаться интернироваться в шведских портах. На период до взятия Ленинграда немецкое морское командование планировало ограничиться лишь сковывающими действиями, такими как постановка мин, налеты небольших сил авиации и набеги торпедных катеров. Немецкое судоходство на Балтике было сокращено до минимума, а трассы перехода судов перенесены на 5-метровую изобату[77]. Эта мера полностью оправдала себя – существовавшее до войны наставление запрещало советским подводным лодкам действовать в районах моря с глубиной менее 24 метров, что в условиях мелководного Балтийского моря приводило к тому, что субмаринам приходилось держаться на расстоянии 10–15 миль от побережья, наблюдая, как суда проходят на большом расстоянии от них.
Именно в такой обстановке проходил июльский 1941 года поход С-7 на позицию между Либавой и Виндавой, которые к тому времени уже были захвачены немцами. Несколько раз командир обнаруживал отряды боевых кораблей, но каждый раз подлодка оказывалась далеко от берега и не успевала выйти на дистанцию торпедного залпа. Вечером 19 июля Лисин наблюдал, как мимо Виндавы в Рижский залив проследовал конвой, о чем он доложил в штаб флота, но царившая там в первые недели войны неразбериха привела к тому, что радиограмма не дошла до получателя. 21 июля подлодку отозвали с позиции, и на следующий день она перешла в Таллин. Несмотря на то что субмарина ни разу не вышла в атаку, командование отметило активность Сергея Прокофьевича и даже объявило ему благодарность. На фоне действий других подлодок КБФ поход С-7 выделялся в лучшую сторону, но в условиях многочисленных ограничений, накладывавшихся на командира разработанными до войны инструкциями и наставлениями, с одной стороны, и сокращения вражеского судоходства, с другой стороны, «эске» Лисина в 1941 году так и не удалось открыть боевой счет.
В конце июля С-7 перешла из Таллина в Кронштадт, где ей предстояло пройти послепоходовый ремонт. Пока она стояла в доке, нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов отдал приказ, согласно которому всем балтийским «эскам» предстояло перейти на Север через Беломорско-Балтийский канал. Подготовка к переходу была начата незамедлительно, но еще раньше, чем она завершилась, 30 августа немцы вышли к Неве восточнее Ленинграда, перерезав тем самым маршрут предстоящего перехода.
