Отныне феодальные права и привилегии рыцарей, церковников, купцов ликвидировались. Рабство отменялось, а 600 турецких невольников обрели свободу и возвращались на родину. Орден иоаннитов был упразднён, а все его члены высланы с Мальты, за исключением 34 добровольцев, принятых на французскую службу. Сокровища ордена, накопленные за 500 лет, были экспроприированы, что пополнило казну египетской экспедиции на 7 млн ливров. Наполеон перестроил и экономику, и систему народного образования на Мальте по французскому образцу, открыв сразу 15 начальных школ, а напоследок создал на острове новую администрацию. Её возглавил в качестве коменданта 50-летний генерал К.-А. Вобуа, и при нём был оставлен гарнизон из 4 тыс. человек (чтобы довести численность гарнизона до 8 тыс., были затребованы ещё 4 тыс. солдат из Тулона, Генуи, Чивита-Веккии и с Корсики). 17 июня, перед отплытием из Ла Валетта, Наполеон в письме к Директории так подытожил всё им содеянное:
19 июня, ровно через месяц после отплытия из Тулона, Восточная армия оставила Мальту. Много лет спустя Наполеон так вспоминал о тех днях, когда его солдаты гадали о возможном пути их дальнейшего следования:
Да, Нельсон в то время, уже закончив ремонт своей эскадры и получив подкрепления, с отрядом в 14 боевых судов начал рыскать по Средиземному морю в поисках французской экспедиции[792]. Он узнал от генуэзских торговцев, что Наполеон был на Мальте, и далее французские корабли ушли куда-то в южном направлении. Нельсон сообразил, что французы пойдут к Египту, и помчался вслед за ними. Подвела его скорость кораблей английской эскадры, которая была вдвое выше, чем у французских судов. В ночь с 22 на 23 июня эскадра Нельсона обогнала французов севернее острова Крит, не заметив издалека во тьме французские корабли, которые по приказу Наполеона предусмотрительно держались близко к берегу. В результате Нельсон подоспел к Александрии на 48 часов раньше французов, и там, естественно, ни о каком Бонапарте никто ничего не слышал. Тогда Нельсон устремился в Константинополь, рассудив, что Бонапарту, если его нет в Египте, плыть дальше некуда. Тем временем 1 июля флотилия Наполеона встала на якорь у Александрийского порта. Так расчёт, риск и фортуна помогли Наполеону избежать гибельной для него при тех обстоятельствах встречи с Нельсоном.
Наполеон, конечно же, сразу узнал о недавнем заходе в Египет Нельсона и мог предполагать, что английская эскадра, может быть и даже скоро, сюда вернётся. Поэтому он стал спешить с высадкой своей почти 40-тысячной армии и разгрузкой чуть ли не 400 транспортных судов. Командующий его флотом адмирал Ф.П. Брюэс предложил переждать непогоду, для чего понадобилось бы часов двенадцать. Наполеон воскликнул: «Нельзя нам попусту терять время!» и приказал выгружаться немедленно возле Марабу, отказавшись от более удобной, но отдалённой якорной стоянки в Абукирской бухте. Перед высадкой он отдал приказ, в котором говорилось:
