Война с Англией представлялась Наполеону неизбежной и долгой, а с Турцией он даже предполагал разрешить всё миром, поскольку она сама намеревалась подавить самоуправство мамлюков в Египте. Но религиозную войну с мусульманами Наполеон исключал безусловно. Он, конечно же, учитывал печальный опыт восьми крестовых походов с 1096 по 1270 г., когда крестоносцы, хотя и добивались отдельных успехов (в первом, четвёртом и шестом походах), так и не достигли главного — христианизировать народы Востока, включая Египет. Наполеон решил действовать на Востоке принципиально иначе, чем все его европейские предшественники: не преследовать и не подавлять ислам, а привлечь его на свою сторону, в какой-то мере даже подстроиться (временно) под него. С этой целью он артистично использовал авторитетнейший идеологический центр египетского мусульманства — самый знаменитый на Востоке университет мечети Аль-Азхар, основанный ещё в XII в. легендарным правителем Египта и грозой крестоносцев Юсуфом Салах-ад-Дином (Саладином). Шестьдесят улемов (докторов богословия) этого университета формировали тогда общественное мнение не только в Египте, но и за его пределами.
Французские солдаты после революции 1789 г. не исполняли обрядов какой-либо религии. Они вовсе не бывали в церквах — ни во Франции, ни в Италии, ни теперь в Египте. Улемы заметили это и не преминули истолковать в свою пользу: пусть французы — не мусульмане, но они и не идолопоклонники, а поскольку Султан Кебир почитает идеи пророка Магомета и его самого как личность, то не исключена возможность склонить и лично Бонапарта и его войско в мусульманскую веру. Глава улемов шейх Эль-Шаркун — вероятно, по договорённости с другими улемами, а может быть, и по инициативе кого-то из них — на одном из обсуждений Корана во дворце у французов прямо, без обиняков, предложил Наполеону: