Высшее образование в Индонезии до сих пор хранит следы голландской колониальной системы: основной упор делается на индивидуальное самообразование по книгам, большинство из которых на английском, голландском и немецком языках, хотя преподавание ведется исключительно на индонезийском. В результате в университете или институте могут успевать лишь те учащиеся, которые владеют иностранными языками и получили хорошую подготовку в элитной средней школе, чаще всего частной, короче говоря, дети зажиточных родителей. Большинство выпускников вузов имеют довольно посредственные знания. Раньше до 1984 года многие вообще доходили лишь до четвертого курса, получали (за исключением технических факультетов) звание «молодой ученый», что соответствует бакалавру, и прекращали учебу. Такое же звание имели и выпускники многочисленных академий, в своем большинстве частных. Полное высшее образование получают лишь 15 процентов общего числа студентов вузов. Наиболее основательные знания дают медицинские факультеты университетов (медицинских вузов в Индонезии нет). Интересно, что диплом врача выпускникам дается лишь после прохождения двухгодичной практики. Конкурсы для поступающих в государственные вузы огромные — нередко до тридцати человек на место, и хорошие знания абитуриента далеко не всегда служат гарантией поступления. Вокруг конкурсных вступительных экзаменов вьется целый рой маклеров. За большие деньги (от 300 до 800 долларов) они продают фотокопии ответов на экзаменационные вопросы. Бывает, что вопросы и ответы правильные. Тогда считается, что экзаменационные материалы «просочились». Но чаще случается, что вопросы и ответы вымышленные. На идентичные факультеты шести-семи ведущих университетов и институтов страны, расположенных в Джакарте, Бандунге, Джокьякарте и Сурабае, вступительные экзамены проводятся одновременно и в одном месте — Джакарте. Интересное зрелище: на трибунах джакартского стадиона «Сенаян» сидят 40 тысяч абитуриентов и сдают письменные экзамены. Стипендиатов мало. Так, в джакартском государственном Университете Индонезия из более чем 20 тысяч студентов стипендию получают лишь 500. Половина из них получают стипендию не потому, что успевают, а потому, что занимаются на непопулярных отделениях, таких, как отделение индонезийского языка и литературы.
Примерно половина студентов занимается в государственных вузах, которых больше 50. Другая половина — в частных, число которых, включая академии, достигает примерно 400. Старейший из них — Национальный университет, основанный в 1949 году, ректором которого является выдающийся ученый, председатель Джакартской академии искусств, писатель-классик, профессор Сутан Такдир Алишахбана. Вместе с христианским Университетом Трисакти, католическим Атмаджая и еще одним джакартским университетом, Джойобойо, Национальный университет составляет большую четверку, приравненную по уровню знаний выпускников к государственным вузам. Выпускники же большинства других частных университетов, чтобы получить диплом, должны сдать выпускные экзамены в одном из государственных вузов. Формально частные учебные заведения считаются некоммерческими, общественными учреждениями. На самом же деле все больше частных вузов приобретают сугубо коммерческий характер. Плата за обучение в престижных частных вузах невероятно высока, в результате чего среди учащихся этих вузов велик процент детей богатых китайцев и индонезийской элиты. Правда, есть частные университеты, как, например, созданный в 1952 году Национальной партией Университет 17 августа (УНТАГ), где занимаются дети небогатых родителей. Хотя эти вузы и получают определенную дотацию от государства, но, как писал в январе 1984 года журнал «Наука и культура», издаваемый Национальным университетом, «большинство таких вузов влачит жалкое существование: занимаются в арендованных зданиях, снимая даже помещения начальных школ. Занятия там, как правило, проводятся по вечерам. Оборудование плохое». К числу новых некоммерческих частных университетов следует отнести созданный в начале 80-х годов Университет Бунг Карно.