Когда Иоанна увидела, как герцог Дураццо и Роберт Тарентский с сопровождающими их войсками въезжают в Неаполь, она поняла, что потеряла свое королевство и ей грозит неминуемая гибель. Королева не сомневалась, что если она попадет к Людовику Венгерскому в руки, он непременно ее убьет. Ее единственной надеждой было бежать из Неаполя в Прованс, который оставался под ее юрисдикцией. Если она выживет, то сможет организовать контрнаступление, обратившись за помощью к своим провансальским подданным, папству и дяде Людовика Тарентского, французскому королю. Иоанна созвала членов своего двора и, в интересах упорядоченного перехода власти, назначила комитет из дворян для управления королевством в ее отсутствие. Чтобы максимально обезопасить свой народ от гнева захватчиков, королева официально освободила присутствующих, а через них и всех своих подданных, от клятвы верности, до ее возвращения в Неаполь, и посоветовала своим приближенным, ради их же безопасности, не сопротивляться въезду Людовика Венгерского в столицу.
Затем предстояло самое трудное: оставить сына.
Иоанна обожала своего ребенка и наверняка хотела взять его с собой. За последний год у королевы было множество возможностей отдать мальчика Клименту или венграм, но она упорно отказывалась это сделать, несмотря на все усиливающиеся угрозы и требования свекрови. Но королева собиралась отправиться в путешествие по бурному морю в середине зимы, что было крайне опасно для малыша. Даже если бы она решила рискнуть, не было никакой возможности увезти Карла Мартела, который находился под строгим присмотром Изабеллы Венгерской и коменданта замка Кастель-дель-Ово, не предупредив их о своих намерениях. Иоанна знала, что венгры не причинят мальчику никакого вреда, если он останется в Неаполе. Ребенок Андрея был дорог ее свекрови. Отобрать его у матери было одной из причин вторжения короля Людовика, поэтому она могла быть уверена, что если Карл Мартел останется, о нем будут заботиться и защищать, а жители Неаполя хотя бы в какой-то мере будут избавлены от злобы и репрессий со стороны завоевателя. Карл Дураццо, без сомнения, намеревался немедленно отдать наследника престола своему победоносному кузену в качестве средства продвижения своих собственных интересов и вполне мог бы захватить королеву и передать ее венграм вместе с сыном. Она не могла пойти на такой риск и неизвестно, удалось ли ей хотя бы попрощаться с малышом. Единственной надеждой на то, что в будущем она сможет быть вместе со своим ребенком, было оставить его сейчас.
Взяв из королевской казны столько денег, сколько хватило бы на расходы и неизбежные взятки, которые потребовались бы ей для приобретения поддержки (ведь она ехала в Авиньон), в сопровождении небольшой группы приближенных, в которую входил ее камергер Энрико Караччоло, Иоанна ускользнула из столицы в ночь на 15 января 1348 года, на трех ожидавших в гавани галерах, и отплыла в Прованс.
Слухи о ночном бегстве королевы достигли Капуи рано утром следующего дня, и Людовик Тарентский в сопровождении Никколо Аччаюоли поспешил вернуться в столицу, оставив в городе гарнизон под командованием графа Альтавиллы. Когда эти двое убедились, что слухи о бегстве Иоанны из Неаполя оказались правдой, Никколо убедил принца Тарентского поступить так же. Людовик не мог преклонить колено перед королем Венгрии, как это собирались сделать его старший брат и кузен, ведь попади он в руки врага, как муж Иоанны, он был бы казнен. Как и королева, его единственной надеждой на успех было получение помощи извне, чтобы заменить те войска, которые его старший брат и Карл Дураццо так вероломно вывели из Капуи. Джованни Виллани сообщает, что Людовик и Никколо пытались найти вооруженную галеру на случай, если в пути их попытаются перехватить, но таковой не оказалось. Когда венгерская армия была уже на подходе, и времени оставалось в обрез, они наняли единственное судно, которое смогли найти, — узкую и хлипкую рыбацкую лодку, и вечером 16 января отплыли на этом маленьком суденышке, чтобы в последний раз попытаться убедить флорентийцев оказать помощь.
