Пограничные войны продолжались в Венгрии даже во время мира. Крупные набеги на территорию Габсбургов в 1590-1593 годах заставили Габсбургов разорвать договор и напасть на Османскую империю. Так началась Долгая война. В первые два года войны османы взяли несколько пограничных крепостей в Хорватии, но больше ничего не добились. В 1594 году князь Михаил Валахии восстал против султана, бросив серьезный вызов османам, лишив их возможности пользоваться Дунаем, жизненно важным как для войны, так и для торговли. Смерть Мурада III в 1595 году на некоторое время отвлекла руководство Османской империи. Его старший сын, Мехмед III (1595-1603), последний османский принц, служивший в провинциях, занял трон без сопротивления. Отвлечение внимания позволило Габсбургам перейти в наступление. Народное сопротивление валахов не позволило османам удержать провинцию и способствовало восстанию в соседней Молдавии. В Анатолии в 1596 году начались беспорядки джалали, о которых речь пойдет ниже, и продолжались до 1610 года.
Отчаянное положение вынудило Мехмеда самому выступить в поход; он стал первым османским султаном, сделавшим это после смерти Сулеймана. Он добился двух выдающихся успехов: взял стратегически важную крепость Эрлау (Эгер) и разгромил Габсбургов в битве при Мезо-Керештесе (Хачова) 26 октября 1596 года. Эти двойные победы обеспечили османам инициативу на западе до конца войны. В 1598 году внутренние беспорядки в Османской империи позволили Габсбургам продвинуться вперед и взять Рааб. Заключив союз с Польшей, османы восстановили контроль над Валахией и Молдавией и в 1605 году вытеснили Габсбургов из Трансильвании. После стабилизации ситуации и появления других угроз у османов не было стимула продолжать войну. У Габсбургов были схожие мотивы для заключения мира. Империи подписали Зшитваторокский договор 11 ноября 1606 года. Османы получили две пограничные крепости, но отказались от ежегодной дани с Габсбургов; они также согласились обращаться к габсбургским правителям как к императорам, не отказываясь от своих собственных претензий на первенство. В 1607, 1614 и 1615 годах османы подписали договоры с Трансильванией, Польшей и снова с Габсбургами, стабилизировав свою европейскую границу.
На востоке шах Аббас реорганизовал армию Сефевидов так, чтобы она могла встретиться с османами в полевых условиях. В 1603-1605 годах он изгнал их из Азербайджана и Кавказа. 6 ноября 1605 года Сефевиды одержали крупную победу при Суфиане, недалеко от Тебриза. Эта битва завершила основные действия войны, но спорадические сражения и переговоры продолжались еще несколько лет, с затишьем, но без мира в 1616 году, пока две империи не подписали Сарабский мир в 1618 году.
Мехмед III умер в 1603 году. Он казнил своего старшего сына, Махмуда, незадолго до собственной смерти, очевидно, из-за популярности принца среди янычар и других сил во дворце. Двое сыновей остались в живых: Ахмед, подросток, который еще не доказал свою способность быть отцом детей, и младенец Мустафа. Ахмед занял трон, но, чтобы обеспечить выживание династии, Мустафе было позволено жить. Ахмед в основном занимался религиозной ученостью и добрыми делами, финансировал строительство знаменитой Голубой мечети в Стамбуле и стремился улучшить соблюдение шариата своими подданными. Он не занимался активным управлением.
Когда он умер в 1617 году, у Ахмеда было пять сыновей, но дворцовая политика, о которой пойдет речь ниже, привела к возведению на престол его брата, Мустафы (1617-1618), который через год был свергнут как безумный. Старший сын Ахмеда занял трон под именем Османа II (1618-1622). Он намеревался коренным образом преобразовать османскую политическую и военную систему, ликвидировав существующую центральную армию военных рабов и набрав новую армию турок из провинций. В ответ на эту фундаментальную угрозу своим интересам янычары свергли и в конце концов убили его. Старшему из его братьев было всего двенадцать лет, поэтому янычары вновь возвели Мустафу на престол (1622-1623). Будучи совершенно неспособными справиться с ситуацией, Мустафа и его советники потеряли контроль над вооруженными силами; Стамбул погрузился в анархию, а губернатор Эрзурума Абаза Мехмед-паша возглавил всеобщее военное восстание в Анатолии. Этот кризис привел к восстанию янычар в Стамбуле. Губернаторы провинций отказались перечислять доходы в столицу, что привело к финансовому кризису. Наконец Мустафа был смещен, и трон занял Мурад IV (1623-1640), старший из оставшихся в живых сыновей Ахмеда.