Не дожидаясь законной мести Путо Шервашидзе, Леван первым напал на Абхазию во главе многочисленного войска. Заодно он хотел восстановить власть над Абхазским княжеством. Путо Шервашидзе, застигнутый врасплох, не сумел оказать сопротивления и со своими приближёнными ушёл в горы, где скрывался в Мчиштинском скальном замке. Леван подверг жестокому опустошению Абхазию, вернулся обратно и женился на своей тётке. Дядю же он посадил в темницу, где и умертвил. В отношении самого Левана был организован тайный заговор, в котором основным исполнителем был один абхаз. Но его кинжал нанёс мегрельскому князю лишь незначительную рану. Леван вновь напал на Абхазию и привел Путо Шервашидзе к формальному изъявлению покорности в виде дани «известным числом охотничьих собак и соколов, которые водились в этой стране». Фактически абхазские феодалы продолжали оставаться независимыми и сами не раз нападали на своего недавнего победителя.
Междоусобная война абхазских и мегрельских феодалов продолжалась тридцать лет. Она носила жестокий характер. Так, абхазский князь во время одного из своих набегов в Мегрелию сжёг там деревянную церковь. Леван вызвал его на переговоры, но абхазский князь потребовал для этого трёх заложников – сыновей самых знатных мегрельских вельмож. Но Леван не сдержал слова. Во время встречи он тут же схватил абхазского князя и приказал отрубить ему голову, а свиту отпустить на волю. Узнав об этом, супруга предательски убитого абхазского князя немедленно приказала казнить всех заложников.
Об одном из походов Левана II Дадиани в Абхазию (около 1647 г.) сохранилась надпись на иконе св. Георгия из Илорского храма, которая гласила: «Когда мы выступили против Шервашидзе в Зупу (Лыхны), по сю сторону реки Муцу (по-видимому, Мчишта) опустошили (всё), ещё раз напали на Зупу, по эту сторону р. Капоэти (р. Бзыбь) совершенно выжгли всё и разорили и где только были укрепления, взяли и уничтожили. На реке Капоэти напали на нас Зупуар и Сухуар Аршани (Маршания), которых мы победили. Одних из них мы истребили, других взяли в плен и вернулись победителями». Но абхазский владетель «не хотел заключать (с Леваном) ни мира, ни перемирия и кончил воевать, когда узнал о смерти своего варвара-зятя».
Леван II умирает в 1657 г. Положение Мегрельского княжества после этого всё время ухудшалось, а с начала 60-х годов феодальные междоусобицы в Западном Закавказье приобрели более острый характер.
Создавшимся положением незамедлительно воспользовались абхазские феодалы, сумев достигнуть полной независимости. Так, патриарх Макарий не считал Абхазское княжество частью феодальной Грузии.
В 70-х годах XVII в. набеги на Мегрелию ещё более усилились. Очевидцы писали, что «Мегрелии нет…» и что «страх… настолько велик, что люди бегут от собственной тени, принимая её за абхаза».
В те годы иерусалимский патриарх Досифей свидетельствовал, что «абхазы опустошили Мокву, Зугдиди и всю сторону от Диоскурии до Гипиуса» (р. Цхенис-Цкали в Западной Грузии). Причём, Дадиани был «не в силах прогнать абхазов».
Как показали археологические раскопки в Цебельде, несколько позднесредневековых церквей были разрушены во второй половине XVII в. Например, монастырский храм св. Георгия был подожжён, угловые опоры развалены. Престол абхазских католикосов был перенесён из Пицунды в Гелати, близ Кутаиси. Но прежняя традиция долго сохранялась. Каждый новый католикос хоть раз в жизни должен был побывать в Пицунде, чтобы провести богослужение.
От феодальных междоусобиц прежде всего страдали люди. Победители разрушали дома, уводили в плен хозяев, а затем продавали их или держали у себя в качестве рабов до выкупа. В выигрыше оставались лишь феодалы и турецкие работорговцы.
