Мухаммед Али был поклонником западной цивилизации и посвятил всю свою энергию модернизации страны, поощряя иммиграцию из Европы, особенно из Греции, развивая тесные контакты с Францией, используя иностранный капитал и европейских специалистов для развития Египта, при этом, однако, избегая брать на себя долговые обязательства по отношению к другим странам. После массовой резни мамлюков в 1811 г., которая укрепила его позиции, он провел серьезные реформы в армии, сельском хозяйстве, образовании и здравоохранении и попытался провести индустриальную революцию в Египте. К концу своего правления — к середине XIX столетия — он заложил основы инфраструктуры современного Египта.
1798 г. 3 июля французская армия начинает марш от Александрии к Каиру. Частые нападения на небольшие французские отряды и солдат, отставших от своих частей, являются свидетельствами враждебности местного населения по отношению к французам.
21 июля в битве у Пирамид — в тринадцати километрах от Эмбабы, на территории западной части современного Каира, — армия Наполеона Бонапарта разбивает войска мамлюков. Ибрахим-бей бежит в Сирию, а Мурад-бей отступает в Верхний Египет. В руках французов теперь оказываются Каир, Александрия и Розетта.
1 августа в битве на Ниле у Абукира — у места впадения реки в Средиземное море, к востоку от Александрии, — британский адмирал Горацио Нельсон наносит поражение французскому флоту, отрезая войска Наполеона от родины. После таких событий Мурад-бей отказывается от предложения Наполеона править Верхним Египтом под верховным контролем Франции.
22 августа Наполеон создает Египетский институт, набирая его членов из состава Комиссии по наукам и искусствам, в которую входили 167 ученых, математиков, естествоиспытателей, инженеров, специалистов по мелиорации земель, арабистов и художников, сопровождавших Бонапарта в его египетском походе. Целью создания Института было распространение научных знаний в Египте, изучение природных, исторических и экономических реалий страны, публикация результатов исследований и предоставление консультаций по различным вопросам французской администрации в Египте. Самым главным достижением наполеоновских ученых станет знаменитое 24-томное «Описание Египта»
В начале сентября Османская империя объявляет войну Франции.
«Труд ученых заполнил пробел в наших знаниях, который имел место еще с римских времен. Вряд ли найдется такой аспект жизни египтян, который не был бы тщательно рассмотрен в этом монументальном, состоящем из двадцати четырех томов «Описании Египта», а иллюстрации… дают нам наглядное представление об этой непревзойденной цивилизации. Это была одна из самых амбициозных публикаций, которые когда-либо предпринимались… Это настоящая перепись всего того, что есть в Египте».
1799 г. Один из наполеоновских инженеров, Лепер, делает ошибочное заключение о том, что уровень водной поверхности Красного моря на 33 фута выше, чем Средиземного, из-за чего планы строительства канала через Суэцкий перешеек откладываются на неопределенный срок. Весной Наполеон ведет 13 тысяч солдат в Палестину, чтобы не позволить англичанам занять портовые города, но британский флот и местные жители, лояльно настроенные по отношению к османам, останавливают его у Акры. В Дельте подавлены два восстания против власти французов. Генералу Дезе удается успокоить Верхний Египет, хотя Мурад-бей и его мамлюки бегут в Нижнюю Нубию, откуда время от времени совершают набеги.
