Когда французы осмотрели библиотеку одного ученого, работавшего в университете при мечети аль-Азхар в Каире, они обнаружили, что помимо книг религиозного содержания там были только трактат о любви, антология песен и стихов, сборник исторических анекдотов, руководство по составлению брачных договоров и документов о разводе и справочник по технике сексуальных отношений. Печатных изданий не было вообще, и не потому, что египтяне не знали о такой технологии — каирские евреи использовали свой собственный печатный станок с XVI столетия. Но когда французы продемонстрировали египтянам первую машину для печатания книг на арабском языке, ее сочли дьявольским устройством: для шейхов аль-Азхара Коран был источником истины, а себя они считали его учеными толкователями, так что, по их мнению, печатный станок мог способствовать лишь дальнейшему распространению лжи.
В июне Наполеон уходит из Палестины и возвращается в Египет, где становится ясно, что его положение безнадежно из-за господства англичан на море. Армия Наполеона несет тяжелые потери в боях и от болезней, и он докладывает в Париж, что к весне 1800 г. силы французов в Египте сократятся до 12 тысяч человек.
В июле французские саперы под командованием П.-Ф.-К. Бушара нашли в Розетте базальтовую плиту с древними иероглифическими и демотическими надписями. Бушар понял, что «Розеттский камень», как окрестили находку, может иметь огромное научное значение, поскольку непонятные египетские надписи сопровождались параллельным текстом на вполне читаемом греческом языке.
Наполеон наносит поражение османским войскам, которые британцы высадили со своих кораблей в Абукире 25 июля.
Передав командование армией генералу Клеберу, Наполеон 23 августа тайно отплывает из Александрии. Прибыв в Париж в ноябре, он лишает власти Директорию и объявляет себя Первым консулом — то есть диктатором Франции.
1800 г. 6 июня в Каире сириец-мусульманин убивает генерала Клебера. Французы сажают убийцу на кол, а также отрубают головы трем шейхам мечети аль-Азхар.
«В девять часов, когда мы обогнули крутой выступ, перед нами внезапно раскинулись древние Фивы во всей своей красе. Этот знаменитый город… окутанный пеленой тайны и туманом прошедших столетий, благодаря которым его колоссальные памятники становятся в нашем воображении еще величественнее, все еще потрясает человеческий разум. Целая армия, охваченная единым душевным порывом, внезапно остановилась в изумлении перед обветшавшими руинами, и все в восторге зааплодировали, словно была достигнута цель их тяжелых трудов и завоевание Египта было завершено и надежно закреплено самим фактом обладания этими великолепными развалинами древней столицы».