Нубар-паша вновь становится премьер-министром (до 1888 г.); он соглашается с рекомендациями Баринга о выводе всех египетских сил с территории южнее Вади-Хальфа у второго порога. Организацию вывода войск египетское правительство поручило генералу Чарльзу Гордону, но Махди перекрыл ему дорогу в Хартуме. В августе туда была отправлена миссия спасения под командованием генерала Уолсли.
1885 г. 26 января Хартум сдался Махди, а Гордон был убит. Силы генерала Уолсли прибыли с опозданием на два дня.
22 июня в Омдурмане умирает Махди, и его преемником становится Халифа Абдаллах, чьи последователи-дервиши свободно перемещались по всему Судану и представляли собой угрозу для Египта. Баринг предлагает, чтобы вывод британских войск из Египта был отложен на неопределенное время, с чем соглашаются правительства и Египта, и Великобритании.
1887 г. Халифа, который заявляет, что его целью является завоевание Египта и всего мира, вызывает королеву Викторию в Омдурман, чтобы та заявила о своей покорности и приняла ислам. Королева не отвечает.
«Вы сделали немало ошибок и несете тяжелые потери, от которых вам нет иного убежища, кроме как обратиться к Богу и примкнуть к людям ислама и последователям Махди, да пребудет на нем благодать Божья… Но если вы не откажетесь от своего безрассудства и своеволия, сила Божья сокрушит вас».
1890 г. В июне Скотт-Монкрифф заканчивает перестройку плотины в Дельте, сооружение которой началось при Мухаммеде Али. В результате этого в 90-х гг. урожаи сельскохозяйственных культур, особенно хлопка, невиданно возросли. Последующий рост государственных доходов Египта ускорил погашение внешних долгов, что позволило Барингу снизить налоги. По инициативе иностранцев, живущих в Александрии, она становится первым городом в Египте, в котором появилось городское самоуправление. В Каире такие органы появились шесть десятилетий спустя, в 1946 г.
1892 г. Первые материальные свидетельства того, что в Египте некогда существовала цивилизация Додинастической эпохи, были извлечены из-под земли британским египтологом Флиндерсом Питри, который открыл огромный некрополь из 3000 захоронений у селения Нагада в Верхнем Египте.
После смерти Тауфика его 17-летний сын Аббас Хильми II (правил в 1892–1914 гг.) вступает на престол. Всесильный Баринг получает титул графа Кромера, после чего широкая публика начинает называть его просто «Лорд».
Британское правительство стремится не допустить конкурирующие державы, особенно Францию и Италию, за пределы области верхнего Нила. Тем временем среди англичан набирает силу мнение, что гибель Гордона в Хартуме — это пятно на чести Британии и что она должна быть отмщена. Такие взгляды разделял и сэр Герберт Китченер, который был назначен главнокомандующим (сирдаром) египетской армией.
1895 г. Кайзер Германии Вильгельм II совершает официальный визит в Стамбул. Германия стремится к союзу с Османской империей и финансирует строительство железной дороги через Анатолию, которая должна связать Берлин с Багдадом.
1896 г. Китченер продвигается в Судан, прокладывая со скоростью около полутора километров в день железную дорогу между Вади-Хальфа и Абу-Хамедом, в 320 километрах от Хартума.
Молодой египетский юрист Мустафа Камиль объединяется с 21-летним Аббасом Хильми II и при тайной финансовой поддержке хедива решает возродить египетское национальное движение.
1898 г. Британский инженер Уильям Уилкокс в феврале начинает строительство Асуанской плотины, чтобы контролировать уровень воды в Ниле на протяжении всего года.
2 сентября армия Китченера разгромила войска Халифы севернее Омдурмана. Среди британских офицеров, участвовавших в сражении, был 22-летний Уинстон Черчилль.
1899 г. Над Суданом установлен англо-египетский кондоминиум, позволяющий англичанам контролировать страну через своего генерал-губернатора в Хартуме.
