Осмысляя исторический путь философских поисков, Надеждин подчеркивает, что в современной философии «поворот решительный сделан мощною рукою Шеллинга». Именно благодаря последнему философия восприняла жизнь совершенно новую, без которой невозможно уразумение истинного смысла бытия и основного значения жизни. Структура философской доктрины Надеждина вкратце такова: сначала провозглашаются исходные принципы в духе объективного идеализма, затем обосновывается определенное понимание философии истории, далее излагается эстетическая концепция. В основе всех трех частей философской позиции Надеждина лежит единство подхода, единство начала, определяющее развивающееся единство мира. Исходя из шеллингианской идеи тождества бытия и мышления, русский мыслитель полагает, что первая точка отправления мысли (как и первое начало бытия) есть абсолютное единство в бытии единого универса. В процессе действования это единство разрешается в первоначальную двойственность противоположностей, которая и есть акт действующей мысли. Противоположности определяют как действительность, так и мышление: в первом случае через полярность первоначальных процессов (свет и тяжесть, электричество и магнетизм, воздух и земля), во втором – через противоположность первоначальных категорий бытия (дух и материя, свобода и необходимость, благо и зло, творящее и творимое, Бог и природа). Эту двойственность противоположностей (как в бытии, так и в мышлении) необходимо свести к единству, гармонизировать. Данная задача и составляет предмет философии. Отсюда вытекает понимание Надеждиным структуры философии: философия природы синтезирует все явления вещественной жизни (синтез натуры); философия разумения органически связывает бесчисленные явления духовной жизни в целость разумного бытия (философский синтез); истинно высший синтез осмысляет жизнь рода человеческого в своем временном развитии в единой полной идее. Таким образом, единый мир определяется всеобщим духом, его творящим, бесконечным процессом изменения и развития. Принцип изменчивости в таком контексте становится одним из универсальных законов бытия и мышления. Из него выводится преемственность, которая становится методом объяснения истории общества. Следует подчеркнуть, что Надеждин, исходя из основополагаемости идеального, не отказывается от самобытности реального вещного мира, ибо всякая жизнь проявляется беспрерывным воспроизведением самой себя; следовательно, она сама собою начинается и оканчивается. Единство, изменчивость, полярность, противоположность, синтез – категории, при помощи которых русский мыслитель описывает диалектический характер мира, делая при этом акцент на продуктивных возможностях гармонии, синтеза, снимающего противоречия и противоположности развития. В результате господствует мертвящее тождество, корректирующее этот диалектический закон развития.
Философия истории завершает систему русского мыслителя. И это закономерно: «в обществе, как и в природе, дух живет и проявляется в вещественной оболочке». Вещественная природа духа ограничена, но вне ее невозможно постичь социальный мир, реализуемый в человеческой истории. Следовательно, необходимо не только знание общих законов развития мира, но и глубокое и подробное изучение единой и неизменной человеческой природы. Ее исследование закономерно подводит к антропологическому обоснованию истории, подготовившему почву для антропологического принципа, разработанного в русской философии А.И. Галичем.
Надеждин стремится не только сформулировать метафизические основания истории, но и осмыслить обстоятельства, причины и факторы, внутренне присущие историческому процессу, раскрыть диалектические законы истории на основе внутренних, имманентных закономерностей исторического развития. Это создавало условия для формирования новой для России концепции исторического развития. Русский мыслитель подчеркивает, что длительные многовековые наблюдения над историей человека приводят к обоснованию идеи человека, а через нее и к теории истории. Разумеется, в последней действуют и общедиалектические закономерности, вытекающие из «анализа философского синтеза».
Однако существуют и собственно исторические проблемы. Предмет истории, как считает русский мыслитель, составляет жизнь рода человеческого в своем временном развитии; история должна быть биографией человека.