Вторая часть, которую можно считать главной, посвящена истории греко-персидских войн. Она распадается на три раздела. 1). Ионийское восстание (V, 28—VI, 32). 2). Походы Дария I на Грецию. 3). Поход Ксеркса. Заканчивается «История» описанием осады Сеста осенью 479 г. Едва ли Геродот собирался оборвать свой рассказ именно на этом месте. Скорее всего он просто не успел его закончить должным образом. На возможность дальнейшего развития темы указывают некоторые беглые заметки в тексте «Истории». Так, в VII, 213 автор обещает рассказать о смерти предателя Эфиальта в «последующих логосах». Обещание это не было, однако, выполнено.
В целом композиция труда Геродота отличается исключительной сложностью, можно даже сказать, прихотливостью. Она напоминает извилистую реку. Плывущий по ней никогда не знает, что ожидает его за следующим поворотом русла (сравнение принадлежит французскому филологу Круазе). Множество больших и мелких отступлений от основной темы (προσθηχαι — «дополнения», как называет их сам Геродот) все время отвлекают внимание читателя, так что в конце концов он теряет логическую нить повествования и забывает о том, с чего, собственно, историк начал свой рассказ (ср. нанизывающий стиль восточных сказок). Отступления заключают в себе массу всевозможных любопытных сведений об удивительных происшествиях и явлениях природы, поступках великих людей, странных обычаях варварских народов, невиданных животных и растениях. Древние думали, что Геродот сознательно прибег к такой манере подачи материала, чтобы не слишком утомлять читателей однообразием повествования. Так думал, например, Дионисий Галикарнасский: «Геродот знал, — пишет он, — что слишком длинный рассказ утомляет уши слушателей, если говорить все время на одну и ту же тему. Но если через определенные промежутки делать паузы, это приятно воздействует на наш ум. Поэтому он хотел придать разнообразие своей работе, подражая Гомеру. Если мы берем его книгу, мы восхищаемся ею вплоть до последнего слога и хотим еще». Сравнение Геродота с Гомером, к которому прибегает здесь Дионисий, не случайно. Древние догадывались о влиянии эпической поэзии на «отца истории» (Лонгин называл его όμηριχότατος), и эти догадки в общем не далеки от истины. Конечно, нельзя с уверенностью утверждать, что причудливая манера повествования, свойственная Геродоту, была результатом сознательного литературного приема. Такая расчетливость едва ли была в духе великого историка. Скорее всего обилие отступлений от главной темы следует приписать живой любознательности Геродота, которая дополнялась в его характере словоохотливостью, иногда переходящей в болтливость (и то и другое — чисто греческие черты). Вероятно, во многих случаях он и сам заранее не знал, в какую сторону повернет его рассказ в следующей главе.
Главным источником информации были для Геродота, бесспорно, устные свидетельства очевидцев и участников событий (или просто людей, что-то слышавших и знавших). Поиски таких свидетелей и встречи с ними были, судя по всему, главной целью его разъездов. В этом отношении подготовительная работа Геродота была совершенно непохожа на работу современного историка, который имеет дело преимущественно с книгами и документами, а не с живыми людьми, и работает поэтому в библиотеках и архивах. В этом сказывается влияние на историю нашего бюрократического века. Любое событие, еще не успев произойти, тут же обрастает бумагами, входящими и исходящими. Историку поневоле приходится зарываться в эти бумажные груды, чтобы набрести хоть на крупицу истины. Вся прелесть исследовательской деятельности Геродота и других греческих историков до появления кабинетных ученых типа Эфора и Плутарха заключалась в том, что они шли по горячим следам событий и поэтому вынуждены были обходиться почти совершенно без письменных источников. Можно сказать, что они сами их создавали, записывая рассказы очевидцев. В этом смысле их работа ближе всего напоминает работу военных корреспондентов или следователей.