Изложенные обстоятельства открыли перед вступившей в Движение на стороне президента группой генералов, подчиненных в служебном отношении перебитым участникам заговора, возможность круто повернуть фронт и выступить против «Движения 30 сентября» и «привязываемой» к нему КПИ. Командующий Кострадом генерал–майор Сухарто вывел из подчинения Движению и обратил против него один из двух батальонов своих парашютистов. При деятельной поддержке войск командующего столичным военным округом генерала У. Вирахадикусума он без труда рассеял немногочисленные подразделения, оставшиеся в распоряжении «прогрессивных офицеров». Аналогичная судьба постигла очаги «Движения. 30 сентября» в Соло, Семаранге, на Северной Суматре и Риоу. Одновременно Кострад, парашютный полк особого назначения РПКАД, входивший в его состав, и молодежные союзы мусульманских партий развернули кампанию широчайшего террора против ничего не подозревавшей массы коммунистов и левых националистов, объявив их душой антипрезидентского заговора и антинациональной силой.
В 1965—1966 гг. было физически уничтожено от 0,6 до 1 млн членов коммунистических и левонационалистических организаций; не менее 600 тыс. человек в разное время оказалось в тюрьмах. Было убито большинство руководителей КПИ (включая Айдита), уцелевшие ушли в подполье. Уже в конце октября компартия фактически оказалась вне закона. Это была форма классовой мести кабиров и сельских эксплуататоров КПИ и ее союзникам, левым националистам.
Заговор, затеянный Советом генералов, был реализован другой генеральской группировкой, мнимыми союзниками Движения, использовавшими просчеты последнего и провокационные действия не распознанных им агентов охранки, чтобы обратить против него оружие и встать на путь, ведущий к власти. Главкомом сухопутной армии, вопреки первоначальным распоряжениям президента, стал 14 октября 1965 г. командующий Кострадом генерал Сухарто. Он же возглавил специальный орган безопасности КОПКАМТИБ (Оперативное командование по восстановлению безопасности и порядка) — сыскной и карательный орган с неограниченными полномочиями.
Антикоммунистическая истерия, массовые убийства вызвали протесты прогрессивных и демократических сил мира. КПСС потребовала «положить конец преступным убийствам коммунистов, героических борцов за независимость Индонезии за интересы трудящихся». С протестами выступили другие коммунистические и рабочие партии, ВФП, другие международные организации. Но эти демарши не возымели действия.
Попытки Сукарно овладеть ситуацией оказались тщетными. Новое руководство армии, не скупясь на заявления о верности президенту и его доктринам (кроме насакома), саботировало его приказания прекратить преследования КПИ, Партиндо и левого крыла НПИ, положить конец террору и кровопролитиям. Оно парализовало активность Национальной партии и добилось прихода к руководству в ней правого крыла. Не рискуя в условиях патерналистской Индонезии прямо выступить против Сукарно самому, оно превратило в ударную антисукарновскую и антикоммунистическую силу возникшие в конце 1965 г. правые «фронты действия» студенчества и молодежи (КАМИ, КАППИ и др.), эксплуатируя их политическую незрелость и спекулируя на чаяниях демократических реформ и модернизации экономики. Президент, опасаясь раскола нации и проявив свойственные ему мелкобуржуазные колебания, не решился обратиться за поддержкой к еще верным ему войскам и массам. Вместе с тем ни парализующие столицу многотысячные демонстрации «фронтов действия», которые, по замыслу реакционных генералов, «олицетворяли» народ, ни нажим реакции не заставили его ни отказаться от своих концепций, ни запретить КПИ. Он даже перешел в наступление, потребовав роспуска КАМИ, переформировав свой кабинет и выведя из него Насутиона.
Опасаясь, что Сукарно удастся восстановить свою власть в полном объеме, армейская верхушка прибегла к силовому нажиму на главу государства. 11 марта 1966 г. парашютисты РПКАД без опознавательных знаков, действуя в обстановке массовых беспорядков в столице, которые устроили молодежные «фронты», окружили дворец, где под руководством Сукарно правительство обсуждало меры по борьбе с контрреволюцией. Это вынудило его вместе с Субандрио и X. Салехом спешно на вертолете перебраться в загородную резиденцию в Богор. Там ему пришлось под давлением генералов 11 марта 1966 г. подписать приказ, поручавший генерал–лейтенанту Сухарто «принять все необходимые меры для обеспечения безопасности и стабильности». Этот акт немедленно был интерпретирован антисукарновскими силами как передача исполнительной власти.
На следующий же день подверглась официальному запрещению деятельность КПИ, затем были арестованы 16 министров, развернулась нескончаемая чистка госаппарата от левых элементов по обвинению в причастности к «Движению 30 сентября». То же происходило в парламенте и ВНКК.
