Теперь со всей остротой встал вопрос о судьбе главы государства. Попытка его еще до бегства в Богор вместе с Субандрио создать массовую армию поддержки президента (в форме так называемого «фронта Сукарно») была нейтрализована генералами, поспешно провозгласившими все вооруженные силы (АБРИ) ядром этого фронта. КАМИ и крайне правые в сухопутной армии уже с марта 1966 г. требовали смещения Сукарно с поста президента, а с октября — даже суда над ним. Напротив, офицерский корпус ВМС, морской пехоты и полиции, политические партии, хотя и сильно поправевшие за время после переворота, не соглашались на антисукарновские меры и, опасаясь закрепления у власти офицеров сухопутных сил, предлагали сохранить за ним должность конституционного президента. Как несвоевременное рассматривал устранение Сукарно и сам Сухарто, считавшийся с высоким авторитетом президента на Яве, а заодно желавший выиграть время для укрепления собственных позиций в вооруженных силах и в стране в целом. Одновременно генерал добивался резкого сокращения прерогатив Сукарно.
В июне–июле 1966 г. состоялась сессия ВНКК, решения которой лишили Сукарно титула пожизненного президента, подчеркнули его подотчетность Конгрессу, возвели приказ Сукарно от 11 марта (Суперсемар) в ранг постановления Конгресса (что сделало Сухарто юридически независимым от президента) и законодательным порядком закрепили за генералом чрезвычайные полномочия. Сессия запретила учение марксизма–ленинизма и в законодательном порядке исключила возможность существования КПИ. А. X. Насутион был окончательно оттеснен от армейских дел: ему был поручен почетный, но далекий от реальной власти пост председателя ВНКК. В новом составе правительства Сукарно, навязанном президенту армией (I кабинет АМПЕРА), генералы заняли 12 мест из 24, в том числе почти все ключевые посты. Основные решения отныне принимал президиум кабинета, возглавлявшийся не президентом, а генералом Сухарто, совмещавшим также должности министра обороны, командующего сухопутными силами и главы КОПКАМТИБа. Отказавшись от радикальных преобразований и ограничив политическую активность трудящихся, «направляемая демократия» объективно оказалась беззащитной перед наступлением реакции — так резюмировал ситуацию советский историк А. Ю. Другов.
За приходом военных к вершинам государственной власти последовал бурный процесс захвата офицерским корпусом армии большинства гражданских государственных постов в центре и на местах. Эти действия обосновывались концепцией «двойной функции армии». Широкое приобщение армии к «пирогу власти» открывало Сухарто возможность поддерживать ее внутреннее единство, улаживать противоречия. Одно из них касалось дальнейшей судьбы президента. Крайне правые в сухопутных силах (генералы X. Дарсоно, С. Эдди, К. Идрис) при поддержке Насутиона требовали полного отстранения Сукарно, тем более, что он не желал отказываться от своих убеждений и революционаристских выступлений, публично осуждал разгул террора в стране. В ВВС, флоте, частях морской пехоты и государственной полиции, однако, все еще сохранялись сильные просукарновские настроения. Их командующие заявили, что допустят лишь добровольный уход президента.
Но антисукарновский блок уже был сильнее. В него входили весьма разнородные силы: верхушка сухопутных сил и связанные с ней военные кабиры, новые помещики, сельская и торговая буржуазия и близкие к ним мусульманские партии, коррумпированная гражданская бюрократия, христианские партии, технократы и часть городской интеллигенции, студенчества, учащихся школ и училищ. Молодежь не была самостоятельной политической силой. Ее возмущение было направлено, по существу, против таких последствий эпохи направляемой демократии, как экономическая разруха, разгул коррупции, произвол властей, которые в действительности были привнесены в общественную жизнь их же союзниками по коалиции, кабирами и бюрократией, но усилиями генералов, технократов, бюрократии были отождествлены с главой режима — Сукарно. Империалистические державы, со своей стороны, отказывали Индонезии в экономической помощи до достижения ею «политической стабильности», то есть до устранения президента.
Под объединенным давлением этих сил президент 20 февраля 1967 г. согласился передать генералу Сухарто все полномочия по управлению страной. Чрезвычайная сессия ВНКК, собравшаяся в марте, закрепила новые условия компромисса: Сухарто становился и. о. президента. Он удостоверил непричастность Сукарно к «событиям 1965 г.» и вменял ему в вину лишь «недостаточную бдительность» и нежелание отказаться от концепции насаком. Сукарно был лишен права заниматься политической деятельностью и помещен под домашний арест. Государственный переворот высших офицеров сухопутных сил армии, растянувшийся на полтора года, завершился. Классовая задача, поставленная Советом генералов, была реализована другой генеральской группировкой.
