Выяснилось потом, что в договоре бояр о призвании польского королевича писалось: «На Волге, Дону, Яику и на Тереке казаки, буде надобе, или не надобе, о том государю королевичу говорити с бояры и думными людьми, как буде на государстве…» (Сватиков. «Россия и Дон», с. 56.) Выступая против бездомных людей, сорванных с мест анархией, представители земства решение приняли несвоевременно, не имея средств для приведения решения в жизнь, ибо казаки составляли подавляющую часть ополчения.
После гибели Ляпунова земские ополчения стали расходиться, как повествует летописец: «Мнози разыдошася от царствующаго града, и мало по малу отидоша от Москвы прочь…» Под Москвой остались казаки да некоторые дворяне, бывшие в Тушине и Калуге. Единственной силой под Москвой остались казаки. Им принадлежала власть в стране, и они продолжали борьбу против поляков, укрепившихся в Москве.
После распада Земского ополчения и Земской думы в стране не осталось никакой власти. Москва была занята поляками. Казаки, поставленные сложившимися событиями в положение центральной власти, были не в состоянии выполнить роль организующего политического центра. По своему бытовому и социальному положению казакам чужды были московские порядки, и, кроме того, они могли нести для русского народа идеи равенства и экономического раскрепощения. Призывы эти противоречили целям земства и создавали между ними враждебные отношения. Кроме политических разногласий между казаками и земством имелось еще одно обстоятельство, а именно – в стане казаков при атамане Заруцком находилась Марина, считавшая себя законно коронованной царицей Московского государства, и у нее был сын Иван, которого она и Заруцкий считали наследником на московский престол, что в глазах русских патриотов считалось «казачьим воровством».
Безотрадность русской общественности заключалась в том, что она утратила привычную ей политическую организацию и не находила в себе сил для ее восстановления. Боярство, как политическая сила, сходило с исторической сцены, и для руководящей политической роли требовались новые силы, выдвигаемые новыми общественными слоями русского народа. Эти силы начинали постепенно формироваться в среднем слое русского народа: духовенства, служащих, торгового люда и горожан. К этим слоям решительно примыкали донские казаки.
Они продолжали осаду Москвы, как будто желая доказать, что со смертью Ляпунова ничего не изменилось. Гонсевский, чтобы разложить казаков и заставить отойти от Москвы, выслал к ним «лазутчика» с предложением покинуть стены Белого города и передать его полякам. Казаки «лазутчика» посадили на кол и продолжали держать поляков в осаде. В стан казаков из Троицкой лавры был прислан образ Казанской Божьей Матери. Казаки встретили его торжественно, а на другой день Заруцкий приказал бить тревогу и двинул казаков на приступ Девичьего монастыря, занятого немцами в 200 человек и 400 запорожцев. (Костомаров, «Смутное Время», с. 231.) Монастырь был взят, и защитники все были уничтожены. В монастыре были освобождены черницы, среди которых были дочь двоюродного брата царя Ивана Грозного и дочь Бориса Годунова, Ксения, которые были отправлены во Владимир.
Казаки не оставляли поляков в покое и 23 сентября пустили гранаты в Китай-город и зажгли его. Поляки не могли остановить пожар и должны были уйти в Кремль, что еще больше стеснило их. Но к этому времени под Смоленском положение изменилось в пользу поляков. Смоленск был взят приступом. Сигизмунд оставил в городе гарнизон под начальством коменданта Якуба Потоцкого и с войсками ушел в Польшу. Был созван сейм, и в торжественной обстановке королю были представлены знатные московские пленные, в числе которых были бывший царь Василий Шуйский, его брат, защитник Смоленска, воевода Шеин и великое посольство во главе с Филаретом. Сеймом было принято решение послать в Москву помощь гарнизону под начальством гетмана Ходкевича. Организация отправки войск была поручена коменданту Смоленска Потоцкому. Ходкевичу было дано 3000 пехоты и потом присоединены были 1500 всадников.
С этими войсками Ходкевич двинулся к Москве. Движение его сопровождалось все время стычками с «шишами», или русскими партизанами. В начале октября Ходкевич приблизился к Москве и выслал отряд запорожских казаков с извещением осажденных о своем походе. Отряд этот попал в засаду «шиши» и весь был уничтожен, спасся один их атаман Вансович. 4 октября Ходкевич приблизился к Москве и двинулся на приступ позиций казаков. Приступ казаками был отбит, и Ходкевич отошел с войсками в Красное Село. Не имея возможности прорвать линию обороны казаков, Ходкевич ограничивался отдельными стычками. Но положение казаков после его подхода к Москве осложнилось, и казаки из осаждавших превратились в осажденных. «И бысть в русском стане глад велик, свинцу и пороху недостаток». Трубецкой и Заруцкий писали в Обитель, чтобы слали свинец и порох, а также грамоты с призывом людей на помощь.
