После того как патриарх Гермоген был посажен под стражу поляками, роль призыва к борьбе русского народа против поляков перешла к Троице-Сергиевой лавре. Архимандрит Дионисий с келарем Авраамием Палицыным с Собором рассылали грамоты по всей стране, и казакам послали на помощь пеших слуг, свинец и порох. (Авраамий Палицын. «Сказание об осаде Троице-Сергиевой лавры».) На разосланные грамоты и призыв стали собираться ополчения разных городов, и одним из более значительных оказалось нижегородское.
В это время в Пскове появился третий Лжедимитрий, и часть холопей казаков, стоявших под Москвой, целовала ему крест. Лавра отвергла это целование, однако это событие произвело резкий раскол среди казаков. Донские казаки поднялись против «голытьбы», возглавлявшейся Заруцким, и совершенно отделились от них.
В течение месяца Ходкевич оставался в Красном Селе, тревожимый все время партизанами и имея стычки с казаками. Не имея возможности изменить участь осажденных, гетман отправился с войсками к Рогачеву и остановился у Волоколамска, предоставив осажденных своей участи. Продолжавшаяся осада Москвы истощила казаков материально: они были босы и наги, испытывали недостаток в военных припасах, а к весне ожидался поход к Москве Ходкевича, усиленного литовскими войсками. Руководители ополчения Нижнего города Пожарский и Минин не торопились двигаться к Москве. Вначале поджидали подхода ополчения казанцев, но не дождавшись, перешли в Ярославль и оставались в нем. Пожарский решительно уклонялся от соединения с казаками – целью его было избрание царя без участия казаков. Из Ярославля Минин и Пожарский рассылали грамоты с призывом выборных людей от городов для избрания законного государя. Вместе с тем он вел переписку через Новгород с шведским королем, прося его отпустить наследного принца на московский престол, и в то же время вел переписку и с австрийским императором, прося его сына на московское царство. Пожарский, как и многие представители московского боярства, был сторонником иноземного кандидата на московский престол. По заявлению псковского летописца: «Народи же не восхотеша тому быти». В народе, и главным образом среди казаков, избрание царем иноземного происхождения было неприемлемо. Среди казаков давно уже называлось имя «ближайшего братенича блаженнаго государя Федора Иоанновича, сына Федора Никитича Романова – Михаила». В этом отношении Пожарский и казачий стан были непримиримы. Примирение между казаками и лагерем Пожарского взяла на себя Сергиевская лавра. Чтобы принудить Пожарского идти с ополчением к Москве, Дионисий и Авраамий послали к нему послов с нареканием, что если Ходкевич раньше вашего «к Москве придет, то всуе труд будет и тще ваше собрание». Пожарский «старцев в Обитель отправил и косно и медленно о шествии помышлял, некоих ради междуусобных и смутных словес в Ярославле стояше и войско учреждаше». После чего Авраамий, с благословения архимандрита и братии, 28 июля выехал в Ярославль.
По приезде в Ярославль он увидел там «мятежников и ласкателей и трапезолюбителей и воздвижущих гнев велик и свары между собой, воевод и во всем воинстве». Авраамий убедил Пожарского и Минина поспешить идти к Москве, и они послали прежде себя в направлении Москвы Лопату и Сампсонова с дворянами и детьми боярскими, стрельцов и казаков, которых, по утверждению проф. Локоть, в ополчении Пожарского «был значительный отряд, и всяких служилых людей множество». (Авраамий Палицын, гл. 75, с. 255.) После чего двинулись к Москве Пожарский и Минин.
Движение ополчения к Москве произвело окончательный раскол среди казачьего стана. Пожарский, подойдя к Москве, решил стать отдельным от казаков станом. В стан казаков он послал своих послов Кондырева и Беличева, которые стали склонять казаков на сторону Пожарского. Заруцкий приказал убить их. В стане произошел раскол – «стала рознь». 17 июля Заруцкий с «воровским людом» принужден был бежать от Москвы в Коломну. Под Москвой с этого времени остались только казаки, составлявшие Войско Донское. Возглавителем их остался князь Трубецкой и при нем атаманы, среди которых более значительную роль играл Межаков.
