После поражения Ходкевича и ухода его от Москвы русские осадили и заперли Кремль и Китай-город со всех сторон. В Замосковоречье, в черте деревянного города, стояли казаки. На другой стороне стояло ополчение, вырыв глубокие рвы… Победа над Ходкевичем примирила Пожарского с Трубецким. Они решили постоянно съезжаться на Неглинной трубе. Но мирные отношения продолжались недолго. В стан казаков прибыли князь Шаховской, возвратившийся из ссылки, известный старый заводчик смут, Плещеев и Иван Засекин. Они стали восстанавливать казачьих атаманов и через них всю казачью громаду против ополчения. «Нам не платят за службу, – стали кричать казаки, – дворяне обогащаются, а мы босы и голодны». Одни собирались уходить от Москвы, другие грозили напасть на дворян, ограбить их и самих побить. (Костомаров. С. 302.)
В Троице был созван Собор с целью решения, как помочь делу? Денег в обители не было. Остановились на нетронутом церковном облачении, вышитом золотом, саженном жемчугами. Троицкие отправили их казакам в залог на тысячу рублей и обещали выкупить в скором времени. Послали вместе с тем и воззвание, расхваливая их доблести и мужество. «Казаки читали писание и слыша похвальные слова о них и их службе и терпении… когда же увидели церковные вещи, которые им предлагали в уплату за службу, то приидоша в страх Божий, и возвратиша все ризы церковны и двух атаманов с наказами в Обитель отправили, в котором давали обещание – все по прошению Обители выполнить. – Мы все по прошении Троицы сделаем, какой бы скорби и бед не пришлось бы нам терпеть, все выстрадаем, а отсюда не уйдем, не взявши Москвы и не отомстивши врагам пролития христианской крови».
15 сентября 1612 года Пожарский обратился к осажденным полякам с предложением сдачи. Поляки ответили высокомерным отказом. 22 октября казаки, стоявшие станом на восточной стороне Китай-города, пошли на приступ и загнали поляков в Кремль. Русские вошли в Китай-город и внесли Казанскую Божью Матерь. Потом на этом месте была построена церковь Казанской Божьей Матери. Стесненные совершенно в Кремле, поляки выпустили жен и семьи русских бояр из Москвы, в числе которых была инокиня Марфа с сыном Михаилом Федоровичем.
24 октября поляки послали послов к ополчению с просьбой обещания, что ни один пленный при сдаче не погибнет от меча, т. к. они не хотели сдаваться казакам. Им дано было обещание Пожарским. 24 октября 1612 года поляки отворили Троицкие ворота на Неглинную и стали выпускать бояр и русских людей. Впереди всех вышел Милославский, за ним бояре, составлявшие Совет, дворяне и купцы, сидевшие в осаде. Казаки хотели произвести с ними расправу, но пошумели и ушли в свой табор. 25 октября отворились все ворота Кремля. Ополчение и казаки двинулись к Кремлю. Земское войско собралось на Арбате, казаки – за Покровскими воротами и, двинувшись отсюда, сошлись в Китай-городе, на Красной площади. Здесь начался молебен, во главе духовенства был Дионисий. Потом духовенство вошло в Кремль и направилось к Успенскому собору. Поляки побросали оружие и ждали своей участи. Их погнали к таборам и разделили: часть взято было ополчением, часть отдано казакам. Часть, попавшая к Пожарскому, в большей части уцелела и была разослана в окраинные места. Казаки же не вытерпели и перебили чуть не всех. Имущество пленных было сдано в казну. Пленные потом пошли на размену находившегося в Польше Великого посольства с Филаретом. Имуществом, отобранным у поляков, распоряжался Минин, и было решено все передать казакам. Казакам была произведена перепись, и их оказалось 11 000 человек, ополчение состояло из 3500 человек.
После занятия Москвы и ухода Ходкевича русская земля была очищена от поляков. В южных окраинах бродили еще шайки их и запорожских казаков. Покинувшие отряд Ходкевича запорожские казаки ушли на северо-восток, захватили и разграбили Вологду. В рязанской земле стоял с вольницей Заруцкий и призывал в свои отряды бродячий люд. В Москве установилась власть «Походной Думы» – казаков и боярства, перед которыми стоял ответственный вопрос – избрание законного царя.
