Царь Федор Алексеевич умер бездетным и не оставил себе преемника. Остались два брата: родной его брат, 16-летний Иоанн и от второй жены отца – десятилетний Петр. Было еще пять царевен, из которых выделялась умом и энергией царевна Софья Алексеевна. При несовершеннолетии обоих наследников неизбежно должны были образоваться придворные партии. При слабом здоровьем Иоанне – Милославских и при Петре – Нарышкиных. В день смерти царя в Грановитой палате собралась придворная знать, патриарх и духовенство. Патриарх обратился к собравшимся с вопросом и требованием, чтобы каждый ответил по совести: «Кому из двух братьев царя быть на престоле?» После шумного совещания был подан совет обратиться за решением этого вопроса ко всему православному народу. Патриарх со всеми присутствующими, с крестами, хоругвями вышел к собравшемуся на Красной площади народу и спросил: «Кому быть царем всея России?» Тысяча голосов отвечали: «Петру».
Патриарх возвратился в палату и объявил, что избран царем Петр. Царевна Софья заявила, что избрание это неправо. Петр еще юн и неразумен, а Иоанн совершеннолетний. Она потребовала, чтобы царствовали оба брата. Патриарх сказал, что многоначалие пагубно, да будет один царь – так угодно Богу. Все поздравили Петра со вступлением на престол. Победила партия Нарышкиных. Но их бесталанность и интриги враждебной им партии Мстиславских вызвали волнения в Москве. Недовольство и жалобы стрельцов, начавшиеся при Федоре Алексеевиче, перешли в открытый бунт. Чтобы успокоить стрельцов, правительство выдало им их полковников для расправы. Взбунтовавшиеся стрельцы этим не ограничились. Они двинулись в Кремль и произвели кровавую расправу с нежелательными им. Был убит только что возвращенный из ссылки Матвеев, в прошлом начальник Стрелецкого Приказа, и Языков, сын князя Долгорукова Михаил, и брат царицы Наталии, матери Петра, Иван Нарышкин. Стрельцы потребовали, чтобы за малолетством братьев управляла государством царевна Софья.
Оба царевича были венчаны на царство. Начальником стрелецкого Приказа был назначен князь Хованский, державшийся старых церковных уставов. Преследуемые раскольники почувствовали в нем защитника, и Москва стала наполняться их проповедниками, предсказывавшими скорую гибель никонианцев. После бунта стрельцов начинался бунт раскольников. Раскольники потребовали через Хованского открытого диспута с патриархом. Поддержанные стрельцами и растерянностью правительства, раскольники собрались на площади перед Грановитой палатой и разложили книги, приготовились для церковного спора. Чтобы не подвергать опасности патриарха, раскольничьих начетчиков пригласили в палату. Царевна с несколькими царскими особами вошла в палату, и прения начались. Патриарх начал объяснять им греческие тексты, но раскольники заявили, что они пришли не для толкования греческой грамматики. Спор продолжался до звона к вечерне. Раскольники вышли на улицу и стали кричать, что они победили.
Царевна, чтобы положить этому конец, потребовала к себе выборных стрельцов и предложила им выбор между ею и раскольниками. Стрельцы приняли ее сторону и заявили, что готовы за нее умереть. Правительница приказала перехватать самых беспокойных, что и было сделано. Вождю раскольников отсекли голову, многих разослали по монастырям. В Москве настало успокоение. Не успокоился Хованский, он стал врагом князя В. В. Голицына, Милославских и правительницы. Хованский стал искать опору в стрельцах и всячески им потворствовал. Правительница стала искать случая, чтобы расправиться с Хованским. Случай этот представился.
19 августа, в день храмового праздника Донского монастыря, вся царская семья должна была участвовать в крестном ходе. Накануне распространили слух, что Хованский замышляет истребить весь царский дом во время крестного хода. Все царское семейство покинуло Москву и двинулось в Троицкую лавру, откуда правительница от имени царей разослала грамоты, чтобы дворяне и всяких чинов ратные люди спешили к Москве на защиту царского дома и православной веры против замыслов Хованского.
К этому времени ожидался приезд в Москву с большой свитой сына украинского гетмана и готовился большой парад. Хованскому было послано приглашение присутствовать на параде. Он с небольшой группой стрельцов выехал из Москвы. Царевна Софья приказала князю Лукову с отрядом идти навстречу ему, окружить и взять добром или лихом. Хованский с сыном был схвачен и доставлены в село Воздвиженское. Отец и сын были приговорены к смерти и обезглавлены. Младший сын Хованского бросился в Москву и поднял среди стрельцов тревогу, которые стали готовиться к защите Москвы. От царей была прислана грамота, в которой обещалось им прощение при условии, если они положат оружие и пришлют верных людей с повинной.