Через неделю выборные с веревками на шее явились с повинной. Царевна обещала отпустить их с миром при условии, если стрельцы возвратят пушки и порох. Стрельцы выполнили требование, и Москва успокоилась. Во главе Стрелецкого Приказа был поставлен Шакловитый. Против стрельцов были приняты меры: 12 полков отправлены на пограничные службы и только пять оставлены в Москве. Последовал приказ сделать набор пяти новых полков из верных людей и прислать их в Москву. Началось постепенное прибирание к рукам стрелецких полков и замена их полками новых наборов из дворян, боярских детей и служилых казачьих полков.
События, происходившие в Москве, имели отражение и на окраинах. В мае 1682 года донские казаки принесли присягу на службу царю Петру Алексеевичу. Церковный раскол сказывался и на Дону. Массы раскольников, бежавших из московских пределов, сосредотачивались на окраинах верховных станиц. В большом количестве они собирались в устье Медведицы, где главным распространителем раскола был Кузьма Косой. Большие скопища раскольников скрывались и по другим рекам: Иловле, в районе Паншина. Центром их духовного движения оказался устроенный ими монастырь при устье Медведицы на правом берегу Дона, на склоне глубокого оврага, круто спускавшегося к Дону. Из монастыря шли повсюду чернецы, проникали вглубь Дона, создавали тайные раскольничьи скиты и разносили хулу на церковь, патриарха и царя.
Скопление их на границах Дона и внутри нарушало нормальную жизнь казаков и могло принять форму открытого мятежа. Усть-Медведицкий скит, укрытый в лесном овраге, и раньше был центром и приютом всех раскольников, оседавших на окраинах Дона. По преданию, в этом скиту побывал и Степан Разин и как будто пожертвовал скиту образ Божьей Матери, который хранился, по сведениям, до последнего времени в возникшем впоследствии на том же месте женском монастыре. Скит превратился в рассадник открытого мятежа после того, как настоятелем стал Васька Косой. Им стали рассылаться «прелестные» письма по Дону, Северному Донцу и дальше на Яик и Терек. Раскольники просили всех не слушаться царей, патриархов и крепко держаться за старую веру. «Аще же какой опал быдет с Москвы, – писали раскольники, – то тогда идите к нам. За нас многие орды и калмыки, не покинет нас и Чаган Богатур и Ногай Мурза, как пойдем на Москву замутим всеми…». Часть раскольников двинулась внутрь территории Дона, проникла к Черкасску и стала уговаривать казаков стать в защиту старой веры. Казаки разогнали их, и они ушли на Кавказ и предались мусульманам.
Казакам была непонятна жестокость Москвы в преследовании людей, молившихся по старым книгам, но для Москвы раскольники были неприемлемы, как мятежники против церкви и царя. В 1688 году Москва потребовала, чтобы донские казаки уничтожили раскольничий скит в устье Медведицы. В это время Войско было в походе с войсками князя Голицына на Крым. Атаман войска, Фрол Минаев с 3000 казаков, имел приказание действовать против Крыма со стороны Азова. Против Косого был послан отряд казаков. Раскольники оказывали упорное сопротивление, и осада скита затянулась на целый год. С подходом свежих сил сопротивление было сломлено и скит был разрушен. Все городки на Медведице казаками были разрушены, а часть раскольников бежала на Кубань и укрылась в пределах Шевкала Тарковского в Дербенте. 500 человек с Косым отошли и укрылись в пределах Тамбова, построили себе городки, но в 1689 году были снова казаками рассеяны.
И все же на Дону было немало сочувствующих расколу. Атаман Минаев говорил московскому послу, что среди казаков находятся сторонники раскола, оспаривают царские указы и ворам потакают, а добрым казакам и старшинам говорить нельзя – потому могут побить. Голытьбы на Дону много, и нам от нее тесно становится. Из этих лиц создавалась раскольничья группа, проявлявшая тот же фанатизм, которая даже стала замышлять открытую борьбу с Москвой. Одним из более приверженных расколу был видный старшина Черносов, к нему присоединился поп Самойло. Они стали посылать письма на Яик и Терек, чтобы народ не слушался ни царей, ни патриархов, но крепко держался за старую веру. Противодействие раскольникам затруднялось внешними событиями, связанными с войнами Москвы и неизбежным участием казаков в походах.
Польский король Ян Собесский примкнул к европейскому союзу против Турции, решил поддержать австрийского императора Адольфа, вступившего в войну с Турцией. Людовик XIV радовался тяжелому положению Габсбургов и старался отговорить Собесского от союза с императором, но он остался при своем мнении, что гибель Австрии будет гибелью и Польши. В июле 1683 года 200 000 турецкого войска под начальством визиря Кара-Мустафы перешли Раап и устремились к Вене. На помощь Австрии подошли 84 000 христианского войска: австрийцы, саксонцы, баварцы, франсконцы и поляки. Польский король принял начальство над всеми войсками, 12 сентября ударил на турок и одержал блистательную победу. Кара-Мустафа оставил богатый обоз и добычу победителям и убежал к Раапу.
