Запорожские казаки также присягнули быть под властью Дорошенко. Для похода были собраны татары, и Дорошенко хотел, чтобы часть их шла на Польшу, а с другой он решил идти на московские владения. Брюховецкий открыто заявил московским воеводам: «Если вы не покинете города, то казаки вас побьют». Стрельцы покинули город, но многие из них были побиты, воевода ранен, оставшиеся погибли в пути. Выступив открыто против Москвы, Брюховецкий разослал универсалы, в которых писал: «Послы московские с польскими присягою утвердились с обеих сторон разорять Украину и для этого Москва дала ляхам для найма иноземных войск 14 миллионов денег». Грамота из Гадяча пошла на Дон, в которой писалось, «что Москва с ляхами постановила славное Запорожское Войско и Дон разорить и в конец истребить. Прошу и остерегаю, не прельщайтесь казною их, но будьте в братском единении с господином Стенькою, как мы находимся с запорожскою братией нашею».
Дон не тронулся, но днепровские казаки поднялись против московских войск. Против Москвы поднимался очередной мятеж казаков. На помощь им пришли татары, и русские под давлением их оставили не только всю левобережную Украину, но потеряли и некоторые собственные города. В результате измены Брюховецкого Москвой было потеряно 48 городов и местечек, 14 000 рублей, 141 900 четвертей запасов, 183 пушки, 254 пищали и 32 000 ядер. Но после того как левобережная часть Украины была освобождена от русских, против Брюховецкого поднялся Дорошенко. Брюховецкий, чтобы найти поддержку, отправил послов к турецкому султану, предлагая подданство. В Гадяч прибыли татары с целью привести казаков к присяге. Брюховецкий решил использовать татар против Дорошенко, но татары заняли нейтральное положение, а казаки отказались драться за «гетманов». Брюховецкий был выдан Дорошенко и там убит казаками, а Дорошенко избран гетманом двух сторон Днепра и возвратился в Чигирин.
На восточной стороне Дорошенко оставил наказным гетманом Многогрешного. Татары признали в Запорожье гетманом Суховеенко, который заявил, что Дорошенко не может называться гетманом, потому что он гетман ханского величества. Суховеенко вступил в переговоры с московскими воеводами и предлагал условие договора Хмельницкого. На Украине снова началось брожение. Белое духовенство с слободским населением было за Москву, казачья старшина с черным духовенством – за независимость. В 1669 году в Москву прибыло посольство, в которое вошло духовенство от гетмана и казаков. Решено было созвать Раду, на которой гетманом был избран Многогрешный, и реестровых казаков число было установлено в 30 000 человек. Суховеенко с запорожцами отстали от Дорошенко. Поднялся против него Ханенко, сторонник Польши, и к ним присоединился Хмельницкий, сбросивший монашеский сан и снова появившийся на исторической сцене.
В 1671 году Дорошенко с татарами вторгся в пределы Польши. Ханенко и Серко с запорожцами были на стороне Польши. Турция потребовала присоединения западной части Украины к своим владениям ввиду присяги Дорошенко. С Украины стали поступать в Москву сведения, что Многогрешный стал сноситься с Дорошенко, собираясь перейти в подданство Турции, но был схвачен казаками и отправлен в Москву. В Москве они с братом были приговорены к плахе, но помилованы и отправлены в Сибирь. Серко также был схвачен и отправлен в Москву, а оттуда в Сибирь. Для выбора гетмана снова была собрана Рада в Дуброве, гетманом был избран Иван Самойлович. В 1674 году Самойловичу было приказано соединиться с Ромодановским и идти на правый берег Днепра. Они подошли к Каневу, где на их сторону перешел сторонник Польши Ханенко с 2000 казаками и другие полковники, которые принесли присягу московскому царю.
Подданство Дорошенко турецкому султану привело к тому, что в стране повсюду господствовали татары и турки, и Чигирин превратился в рынок торговли «ясырем». У всех на устах было проклятие Дорошенко. В 1675 году Москва в союзе с Польшей начала готовиться к войне против Турции и Крыма. 18 сентября 1675 года Ромодановский и Самойлович с войсками появились у Канева и выслали на другую сторону Лысенко с казаками. Движение это навело страх на Дорошенко, и он просил помощи у турок и татар, но те были заняты войной с Польшей и Москвой. К этому времени из Сибири был отпущен Серко и возвратился в Запорожье. Он дал знать в Москву о своей верности царю и в Запорожье, где находились стрелецкий голова Пукашкин, Мазин Мурза с калмыками и атаман Фрол Минаев с донскими казаками. Серко соединился с ними – и пошли чинить воинский промысел против крымских улусов. Потом Серко с запорожцами и донскими казаками пошел на Чигирин, и Дорошенко присягнул на верность московскому царю, а Серко и его соратники дали присягу Дорошенко. Серко взял у Дорошенко клейноты и войсковые гетманские булаву, знамя и отвез в Запорожье, а в Запорожье никогда клейнотов не бывало, и из Москвы приказали отвести их гетману Самойловичу.
