В тоже время, Запорожцы разбили Татар под Перекопом; козаков было в деле 5000, Крымцев 8000. Гетман отправил к Царю Атамана Петра Одинца с известием об освобождении из оков многих Христиан, томившихся в Орде. Атаман не видел Царя: его принимал и угощал Боярин Наместник Коломенский, освободитель России, Кн. Пожарский «Не оскорбляйтесь», сказал Боярин Атаману и козакам его, «что не видели очей Его Царского Величества. Вы пришли к Москве перед «постом, и в пост у Великаго Государя нашего никакие послы и иноземцы не бывают; а ныне Царское Величество едет молиться по святым местам, и велел вас отпустить.» Но Послы одарены были деньгами, сукнами, лисьими шапками, тафтою; к Гетману была отправлена похвальная грамота, а на войско 300 рублей.
Желая отомстить Туркам за поражение Жолкевского, Поляки начали ласкать козаков и Гетмана. Сейм определил войску нашему жалованье и обнародовал Конституцию в пользу угнетаемого униатими духовенства Греко-российского, и потребовал от Козаков присоединения к Коронному Гетману Ходкевичу, для войны с Турками.
Напрасно Диван старался подкупить Сагайдачного он не прельстился цехинам и вывел 30,000 козаков с 28 пушками; у Ходкевича было 34,000 Поляков. Они окопались на ровном месте близ Хотина, двумя отдельными станами, козацким и Польчкими. Явилось Турецкое войско, состоявшее из 400,000 человек, в числе которых, одних Татар 100,000. Началась пальба с обеих сторон; сильнейшие нападения были на стан козацкий: они продолжались несколько часов. Наконец Турки отступили, козаки вышли из шанцов и начали их преследовать; пользуясь темнотою ночи, Сагайдачный ворвался в Турецкий стан, и неминуемо овладел бы им, если б Ходкевич не отказал ему в помощи.
Этот отказ козаки сочли обидою, недостаток в фураже и провианте, охладил их еще более; стал слышен ропот. Гетман известил Польских военачальников о близком возмущении; три депутата были отправлены в стан Сагайдачного; в числе их находился Историк Яков Собеский. Начались уговоры, депутаты старались льстить самолюбию войска Запорожского, обнадеживали его награждением за убытки, Так как Ходкевич умер в Хотине, то вероятно депутаты свалили на него всю вину; наконец именем Королевича Владислава, который находился в лагере и которого козаки любили, а более старанием и уговорами Сагайдачного и Старшин, спокойствие было возстановлено и козаки остались в лагере.
Турки до того были раздражены козаками, что за каждую козачью голову платили по 50 червонцев, и Татары нередко, выбрив мертвую голову Польскую по-козацки, продавали ее за козачью. С такою ненавистью они требовали от Поляков казни всех наших Старшин и Сагайдачного! Какое же было удивление Гетмана, когда, вовремя начавшихся переговоров, Поляки одною из статей обязались перед Турками «обуздать самовольство Запорожцев и прекратить их морские разбои.» Видя в статьях нового мирного договора это новое доказательство вероломства Поляков, Гетман мог предполагать что нибудь еще хуже; он поднялся со всем станом своими, и, переправясь чрез Днестр, выступил в Малороссию.
Тогда соскучив тяжкими трудами, понесенными на защиту и во славу своей родины, и устарев уже на Гетманстве, Сагайдачный сдал начальство над войсками Наказному Гетману своему, Петру Жицкому. В случаях набегов и пограничных безпокойств, поручал Генеральным Старшинам и Полковникам исполнять данные от него распоряжения, а сам остался спокойным правителем Малороссии: исправлял внутренние безпорядки Правительства, запрещал униатство, возвращал православным церкви, Поляками у них отнятые, в том числе Киево-братский монастырь, который возобновил он своим иждивением; постройки поручал он сведущему в Архитектуре Гетману Жицкому, дал монастырю селы и возобновил, хотя не явно, школу, после нашествия Татар скрывавшуюся по монастырем и пещерам; пожертвовал ей всем своим имением, наконец вступил в иночество и после двадцати четырехлетнего Гетманства окончил знаменитую жизнь. Он погребен в монастыре Киево-братском.
В его Гетманство возстановлена была Кирилловская мужеская обитель, построенная в XII веке дочерью Всеволода 1-го Ярославича Мариею и раззоренная Батыем; учрежден был на Плоской слободе монастырь девичий Иорданский. Основана была другая женская обитель Иоанна Богослова, на левой стороне Златоверхо-Михайловского монастыря.
Стародуб, Переяславль и Новгород-Северский получили от Короля право Магдебургское и гербы: на Стародубском был изображен старый дуб с орлиным гнездом; на Переяславском, в серебряном поле башня о трех уступах, с церковной славой и зубчатою короною; на Новгород-Северском, стена с башнею, на которой звезда, а по сторонам копье и сабля золотые.