Появление баптистов и евангельских христиан было встречено недоброжелательно государственной церковью и правительством империи. Однако в 1884 г. был учрежден Союз русских баптистов, возглавлявшийся Д.И. Мазаевым (1855–1922) издававшим журнал «Баптист», В.Г. Павловым (1854–1924), издававшим журнал «Слово истины».
В Российской империи в начале XX в. отмечался рост баптистских и евангелистских общин. В 1905 г., с выходом Указа о веротерпимости и Манифеста о даровании гражданских свобод, был создан «Союз баптистов» во главе с П.В. Павловым и М.Д. Тимошенко. В 1909 г. был учрежден Всероссийский союз евангельских христиан во главе с И.С. Прохановым (1869–1935).
После февральской революции 1917 г. оба союза активизировали свою деятельность. К концу 1920-х гг. численность их членов возросла в пять раз по сравнению с 1917 г., со 150–200 тыс. человек почти до миллиона. С введением «Законодательства о религиозных культах» от 1929 г., большинство общин евангельских христиан и баптистов было закрыто в административном порядке. Практически прекратили свое существование оба союза.
Во время Великой Отечественной войны запретительные меры были несколько ослаблены. В октябре 1944 г. был образован Союз евангельских христиан-баптистов СССР во главе с избираемым съездом Всесоюзным советом евангельских христиан-баптистов (ВСЕХБ), к которому в 1945 г. присоединилась часть пятидесятников, а в 1963 г. — братские меннониты.
В 1960 г. началась новая активизация административной борьбы с религией, было закрыто множество молитвенных домов. Руководство ВСЕХБ было вынуждено принять «Положение о ВСЕХБ» и «Инструктивное письмо старшим пресвитерам», в которых ограничивались традиционные баптистские свободы крещения по вере и проповеди. Это породило движение протеста, возглавляемое с 1961 г. «Инициативной группой», а с 1962 г. «Оргкомитетом» по созыву съезда, который не собирался с 1926 г. Данное движение стало выпускать неподцензурные журналы «Вестник спасения», затем — «Вестник Истины» и «Братский листок».
С конца 1980-х гг. начался выход из ВСЕХБ христиан веры евангельской (пятидесятников). После распада СССР ВСЕХБ прекратил свое существование, а в странах СНГ были учреждены собственные евангельско-баптистские союзы. Органом, координирующим их деятельность с 1992 г., является Евро-Азиатская федерация союзов евангельских христиан-баптистов.
В Российской Федерации функционирует Российский союз евангельских христиан-баптистов, объединяющий 844 религиозные организации, из них 51 централизованную, 787 местных, пять образовательных учебных заведений и одно религиозное учреждение. В настоящее время баптизм в России является второй по числу последователей, после русского православия, христианской конфессией.
Спецификой евангельского христианства является акцентирование идеи свободы воли человека и возможности спасения не только для избранных, но для всех, верящих в Иисуса Христа. Крещение допускается в форме обрызгивания, а не только погружением. Рукоположение для служителей культа у евангельских христиан необязательно, культ и организация имеют демократический характер.
Первоначально евангельское христианство получило распространение в Московской, Тверской, Тульской, Нижегородской, Псковской губерниях России. После высылки Пашкова заграницу общины евангельских христиан возглавил Иван Степанович Проханов.