Линкольн осознавал недостатки прокламации и пытался убедить членов конгресса из сохранявших лояльность пограничных рабовладельческих штатов поддержать долгосрочную программу компенсируемого освобождения рабов. Однако недовольство проявили как консервативные республиканцы, которые сочли ее излишне радикальной и противоречащей конституции, так и аболиционисты, назвавшие ее неэффективной. В стране, в том числе и в свободных штатах, было немало белых граждан, не желавших жить и трудиться бок о бок с неграми. Легислатуры некоторых штатов Севера даже приняли законы, осуждающие «злобную, бесчеловечную и нечестивую» прокламацию, и призвали к миру с Конфедерацией. Учитывая последнее обстоятельство, президент принял беспрецедентное решение встретиться с влиятельными представителями чернокожей общины Севера, чтобы обсудить с ними весь круг вопросов, связанных с освобождением рабов. Признав существование значительных различий между белой и черной расой, Линкольн констатировал принципиальную невозможность наступления такого времени, когда белые и черные будут обладать равными правами. В качестве наиболее разумного выхода из сложившейся ситуации он предложил чернокожим выехать туда, где с ними «обращаются наилучшим образом», в частности в Латинскую Америку. Участники встречи, однако, отвергли президентскую идею, и перед администрацией встала задача поиска путей интеграции чернокожего населения страны в американское общество.
В январе 1863 г. Линкольн издал еще одну Прокламацию об освобождении негров, которая превратила вопрос об освобождении рабов в объявленную цель войны и неизбежно привела в конечном счете к ликвидации рабства во всей стране. Разрешение неграм служить в федеральной армии с оружием в руках придало Гражданской войне Севера характер крестового похода против рабства. «Вооруженный негр» — кошмар, преследовавший южан на протяжении многих десятилетий, стал реальностью и оказал заметное влияние на дальнейший ход событий.
В первые два года войны отношение к ней американской общественности северных штатов менялось в прямой зависимости от успехов военных действий федеральных войск. Каждое поражение увеличивало число «пораженцев» — «медянок», а каждая победа вызывала спад антивоенных настроений, всплеск патриотизма и новые надежды на конечную победу. Рабочие и фермеры Севера в большинстве своем выступали против рабства и за сохранение целостности Союза. Однако их позиция по вопросу о рабстве во многом определялась влиянием политических деятелей и прессы Севера. Вместе с тем среди рабочих Севера было немало примкнувших к силам, которые выступали против мобилизации, а также к антинегритянски настроенным толпам. К примеру, в Нью-Йорке недовольные рабочие и американцы ирландского происхождения бунтовали в 1863 г. в течение четырех дней, грабя и терроризируя негритянские кварталы, разрушая мобилизационные пункты и протестантские церкви. Число погибших превысило 100 человек.
Бунты в июле 1863 г. в Нью-Йорке были вызваны принятием первого Закона о мобилизации (Conscription Act) от 3 марта 1863 г. (всего таких законов было четыре), поскольку его положения дискриминировали американскую бедноту, не имевшую, в отличие от состоятельных слоев населения, возможности откупиться от призыва за 300 долл. или найти себе замену. В народе как на Севере, так и на Юге говорили о «войне богачей, которая велась руками бедняков». В мятежных штатах Юга действовал аналогичный мобилизационный принцип, согласно которому от призыва можно было откупиться. К тому же на Юге освобождались от призыва граждане, обладавшие определенным льготным статусом. И в южных штатах мобилизация сопровождалась бунтами. В армии южан негров не было вообще. Число дезертиров в обеих армиях составляло ок. 10 %, среди них было немало тех, кто дезертировал по нескольку раз, «добровольно» вступая в армию и каждый раз получая полагающиеся при этом «подъемные».
В 1863 г. ход войны изменился. Хотя Потомакская армия потерпела несколько поражений при Фредериксберге (декабрь 1862 г.) и Ченселлорсвилле (май 1863 г.), ее новый командующий, генерал Дж. Мид, нанес сокрушительный удар генералу Ли в сражении при Геттисберге (июль 1863 г.). На следующий день при Виксберге (штат Миссисипи) генерал У. Грант принял капитуляцию войск конфедератов под командованием генерала Пембертона, открыв, таким образом, Союзу дорогу к р. Миссисипи и расколов Конфедерацию на две части. После того как осенью Грант прорвал осаду Чаттануги и одержал ряд блестящих побед в сражениях в районе гор Лукаут-Маунтин и Мишинери-Ридж (ноябрь 1863 г.), Линкольн сделал свой выбор в пользу Гранта, который пользовался его полным доверием. 10 марта 1864 г. он был назначен командующим всеми армиями Союза.