Объявленная Линкольном в 1861 г. блокада портов Конфедерации, малоэффективная на начальном этапе войны, стала приносить плоды лишь в 1863 г., когда Юг практически полностью лишился возможности вывозить свой хлопок в Европу и получать оттуда военное снаряжение, обмундирование и медицинские препараты. Особенно успешными оказались действия федеральных военно-морских сил под командованием Д. Фэррагата: был занят Нью-Орлеан и полностью блокирован один из важнейших портов Алабамы. Перелом в пользу сил Севера произошел в 1863 г. и на суше. Июльская битва у Геттисберга (штат Пенсильвания) стала для южан военной катастрофой. Было сломлено сопротивление конфедератов и в Теннесси, в результате чего федеральные войска заняли значительную часть штата; ими был также занят Мемфис, важнейший речной порт в долине р. Миссисипи. В ходе всех этих сражений обе стороны понесли огромные потери. В одном лишь сражении при Геттисберге погибли не менее 7 тыс. северян и конфедератов, многие из которых были погребены на Геттисбергском национальном кладбище, официально открытом самим Линкольном в ноябре того же года. Текст произнесенной им короткой речи, в которой выражалась надежда, что «власть народа, волей народа, для народа никогда не исчезнет с лица земли», высечен на одной из сторон пьедестала мемориала Линкольну в Вашингтоне.
Послание президента Конгрессу США от 8 декабря 1863 г. было посвящено изложению взглядов Линкольна уже на послевоенное устройство страны. Провозглашенная им Прокламация амнистии и реконструкции предусматривала меры, которые администрация намеревалась провести в жизнь для восстановления экономической и политической жизни отделившихся штатов. Провозгласив амнистию всем лицам, которые принесут присягу на верность Конституции США, президент отказал в прощении высокопоставленным официальным лицам Конфедерации и высшим чинам ее армии. Амнистированным гражданам было обещано возвращение их собственности, за исключением рабов, а бывшим штатам Конфедерации, 10 % населения которых принесут присягу на верность Конституции США, было обещано восстановление в правах штата Союза при условии запрета рабства в пределах их территории.
В 1864 г. оканчивался первый срок президентства А. Линкольна. Прошедшие четыре года были для его администрации годами успехов и поражений, триумфов и трагедий.
К началу очередной президентской кампании исход войны был уже очевиден. Несмотря на наличие у Линкольна множества врагов в его собственной партии, в конгрессе и в правительстве, они были недостаточно сильны, чтобы помешать выдвижению его кандидатуры. Тем не менее летом 1864 г. сам президент сомневался в своей победе. В сложившейся к этому времени ситуации, когда генерал У. Шерман был остановлен под Атлантой, а Грант, понеся огромные потери, так и не взял Ричмонда, многие уставшие от войны северяне желали мира практически любой ценой. Этими настроениями воспользовалась Демократическая партия, которая, собравшись на национальный съезд в августе 1864 г., объявила войну оконченной и выдвинула своим кандидатом в президенты «репрессированного» Линкольном генерала Дж. Макклеллана. Этот выбор демократов укрепил убеждение Линкольна, что его ожидает поражение на выборах.
Но основной причиной его неуверенности был раскол в самой Республиканской партии, вызванный несогласием радикально настроенного крыла партии с планами Линкольна, касавшимися предоставления равных политических прав бывшим мятежникам. Радикальные республиканцы настаивали на гораздо более кардинальном решении вопроса о рабстве. После издания Прокламации об освобождении негров они требовали принятия суровых мер наказания в отношении Юга, что противоречило убеждениям Линкольна. Свою позицию они мотивировали тем, что в случае огульной реализации столь либеральных намерений президента в этих штатах к власти вновь придут бывшие мятежники, которые не допустят отмены рабства. В действительности их опасения носили более серьезный характер — после восстановления во власти политических сил, инициировавших Гражданскую войну, неизбежно возродилось бы с новой силой противостояние политических и экономических интересов Севера и Юга. Предложенный радикалами законопроект Уэйда-Дэвиса (Wade — Davis Bill) предусматривал более жесткую модель реконструкции южных штатов, согласно которой присягу на верность Союзу должны были дать не менее 50 % их населения, обеспечив тем самым определенную гарантию от возврата в прошлое. Но Линкольн отложил этот законопроект и подтвердил свое намерение требовать лишь 10-процентной верности Союзу.
В знак протеста радикалы попытались объединиться в партию радикал-демократов и даже выдвинули своим кандидатом в президенты Дж. Фримонта. Генерал У. Грант отказался быть кандидатом от радикалов, за что получил звание генерал-лейтенанта, специально учрежденное для него благодарным Линкольном.