Второе распространение тибетского буддизма имело несколько важных особенностей. В результате политической раздробленности буддийские монастыри поддерживали различные доктрины и линии преемственности, что послужило причиной появления многих школ тибетского буддизма. В этом состоит самое важное отличие от Первого распространения. Во-вторых, некоторые монастыри и религиозные лидеры владели землей и крепостными. Царство Гуге однажды даровало несколько поместий мастеру буддизма и переводчику Ринчену Санпо. Это самая ранняя запись о монастырских поместьях. Семья Хон, создавшая школу тибетского буддизма Сакья, владела как поместьем и крепостными, так и монастырем. Потомки мужского пола этой семьи контролировали административную и религиозную власть на протяжении поколений, закладывая фундамент феодальной теократии в Тибете. В-третьих, изменились объекты поклонения. В царстве Тубо это был Будда. А во время Второго распространения к нему добавились несколько основателей буддистских школ, которых превозносили как Будду. Появление Дром Тонпы, Марпы Лоцавы, Миларепы и Сачен Кунга Ньингпо ознаменовало дальнейшую локализацию буддизма. В-четвертых, тибетский буддизм во время Второго распространения впитал в себя многие элементы индийского буддизма – тантризма и буддизма Махаяны. Таким образом, особое значение придавалось воспроизведению ритуальных процедур и тантрическим священным текстам. Под влиянием Атиши и Кхаче Панчена Сакьясибхадры каждая школа сформировала свою собственную
В период с конца XII до начала XIII века в северные степи пришли монголы. Чингисхан объединил несколько мелких племен и в 1206 году основал Монгольское ханство, заложив начало новой династии, которой суждено было объединить весь Китай и его народ беспрецедентным в истории образом. Безусловно, населенные районы Тибета были неизбежно вовлечены в этот исторический процесс, поскольку были связаны долгосрочными экономическими, культурными и политическими отношениями как с контролируемыми ханьцами центральными равнинами, так и с подвластными монголам районами северных степей.
Во время завоевания Западного царства Ся и Центральной Азии монгольские монархи вступали в контакты с тибетцами и тибетскими монастырями. В 1218 году Чингисхан повел войска в Кашгар и Хотан и дошел до северо-запада Индии. Он планировал вернуться в Монголию через Нгари, но на полпути сменил план. Монгольская кавалерия из Ярка оккупировала часть Нгари (нынешний Ладакх в Индии) и создала там армейско-гражданскую маршальскую канцелярию. В 1235 году монголы начали нападать на южную династию Сун, атакуя в нескольких направлениях. Угэдэй приказал своему сыну Годану[9] командовать армией западного направления, которая должна была направиться на юг, в Сычуань, из провинций Шэньси и Ганьсу. Во время похода князь Годан переманил нескольких тибетских вождей на свою сторону. Чтобы укрепить контроль над Западным Ся и населенными тибетцами районами в Ганьсу и Цинхае и обеспечить безопасность южнокорейской монгольской армии, он нанес удар по Тибету, чтобы установить там власть Монгольского ханства. В 1239 году Доорда Дархан, военачальник под командованием князя Годана, повел монгольскую армию в поход на Тибет. Из-за разобщенности разных школ тибетского буддизма и правящих семей Тибет не смог оказать эффективного сопротивления. Монголы быстро проникли на север Лхасы, взяв под контроль большую часть Тибета. Затем Доорда Дархан занялся налаживанием отношений с лидерами тибетского буддизма. Сначала он пригласил Дракпу Джунгне (11751255), Ченге (настоятеля) и Ринпоче (почетный титул) из монастыря Дрикунг встретиться с князем Годаном в Монголии.
