Благородство, величие и стойкость духа противопоставляет Мария Стюарт, героиня одноименной трагедии (1646), пуританской жестокости и насилию Елизаветы. Несмотря на некоторые абстрактные, типичные для религиозно-философской драмы того времени черты христианской мученицы, образ Марии привлекает чисто человеческим обаянием, нравственной чистотой, достоинством, с которым героиня переносит болезнь и душевные муки. Симпатии автора обусловили идеализацию исторического прототипа. «Мария Стюарт, или Замученная монархиня» — одна из первых обработок ставшего впоследствии знаменитым сюжета. С большой силой нарисована сцена суда над Марией — совсем в духе своего времени, времени торжества казуистики на церковной, судейской, университетской кафедрах. Это произведение вызвало новый конфликт драматурга с властями.
Трагедия «Люцифер» (1654) по-новому ставит вопрос о борьбе с общественным злом. Не прекраснодушием и терпением, а бунтом отвечают гордые ангелы на несправедливость небесного владыки и, побежденные, все же не покоряются. Совершенно недостаточно полагать, что мятеж люциферистов — всего лишь аллегорическое изображение войны Голландии за независимость, что бог — это испанский король, Адам — кардинал Гранвелла, а божий наместник Люцифер — статхаудер Вильгельм Оранский. Произведения Вондела полны политических аллюзий, но не исчерпываются ими.
Образ Люцифера вобрал в себя некоторые типические черты буржуазного политика: своекорыстие, демагогию и умение сыграть на чувствах масс, склонность к колебаниям и компромиссу с более сильными, мстительность. В более широком плане этот образ может рассматриваться как преломление угаданных автором свойств буржуазного индивидуализма, этой развитой до абсурда ренессансной свободы самопроявления личности. Люцифер отваживается на мятеж не ради общего блага, а повинуясь неукротимой жажде власти. Определяющую роль в развитии восстания играют мятежные ангелы — люциферисты. В трагедии явственно ощутима граница, разделяющая их и Люцифера, что позволяет говорить о многогранности конфликта пьесы. Вондел с большой симпатией относится к люциферистам, которые страдают от небесного произвола и готовы постоять за свои права, но пассивно и доверчиво прислушиваются к речам Люцифера и его приспешников — Вельзевула и других «крамольных стратегов», софистов и демагогов по натуре, столь ненавистных автору. В ропоте люциферистов слышно глубокое недовольство угнетенных масс, которое на жизненном веку Вондела не раз извергалось лавой городских и сельских восстаний. Это почувствовали регенты, добившиеся исключения пьесы из репертуара «Схаубюрха» после второго спектакля.
Как и другие лучшие трагедии Вондела, «Люцифер» отличается эпичностью, особенно благодаря развернутым картинным монологам — повествованиям, в которых чувствуется рука живописца́-монументалиста (например, в описании Аполлионом земного рая, в рассказе Уриила о небесной битве), и тем, что первый русский исследователь творчества Вондела П. А. Корсаков назвал «эсхиловой манерой изложения». «Страшный суд» Рубенса, любимого художника Вондела, или «Битва архангела Михаила с Сатаной» Тинторетто — вот, пожалуй, самые наглядные аналогии этому произведению Вондела в живописи. Если же взять музыку, то «Люцифер» максимально оправдывает сравнение вонделовской драмы с ораторией — жанром, рожденным в какофонии социальных бурь XVII в., где человеческое соло сливается с мощным звучанием хора.
Гуманистическая концепция «Люцифера» и мотив восстания были развиты Вонделом в трагедии «Адам в изгнании, или Драма всех драм» (1664), рисующей грехопадение и изгнание из Эдема «первосозданной четы». Обе трагедии поэтому часто рассматриваются вместе, а вкупе с трагедией «Ной, или Гибель первого мира» (1667) как трилогия о «падении первого мира». Помимо этого, Вондел создает несколько трагедий, общую тему которых можно определить как историческую обреченность самовластья («Салмоней, царь Элидский», 1657, «Адония, или Бедственное властолюбие», 1661, «Цунчин, или Гибель Китайского господства», 1667, и др.). Но под царскими одеждами, за спорами о престолонаследии все яснее обнажается терзаемая антиномиями своего времени душа вонделовского человека. В драму все глубже проникают впечатления трудной личной жизни. Так, «Давид в изгнании» и «Давид восстановленный» (1660), «Фаэтон» позволяют почувствовать скорбь отца о блудном сыне Йосте. В принципе же Вондел — как Хофт, Рефсен — в духе своего времени всегда стоически сдержан в самоизлияниях и избегает прямого автобиографизма.