В схватке ремонстрантов (арминиан) и контрремонстрантов (гомаристов) Вондел выступал на стороне первых (с 1620 г.), против кальвинистской догмы предопределения, религиозной ортодоксии и нетерпимости, в конечном итоге против догматизма вообще как главного врага свободомыслия, духовного развития, творчества (нравственные вериги, отвращение ко всему мирскому, в том числе театру и общественной жизни, ранее оттолкнули его от меннонитов). Одновременно он бросил вызов и оранжистам, использовавшим своекорыстно эту распрю и недовольство народа. «Паламед, или Умерщвленная невинность». (1625), «самая отечественная драма», стал и первой вехой на пути гонений поэта. В трагической судьбе греческого военачальника Паламеда, павшего жертвой злой интриги, соотечественники без труда узнали расправу над Олденбарневелтом, которая потрясла веру Вондела в разумное устройство мира. Лишь благодаря помощи друзей драматургу удалось избежать участи героя его трагедии.
Вондел продолжил скрытую полемику с правоверным кальвинизмом в серии трагедий на библейские сюжеты («Братья», 1639, «Иосиф в Дофане» и «Иосиф в Египте», 1640, «Петр и Павел», 1641, «Соломон», 1648, и др.). Особой остроты и широкого диапазона выразительности — от вызывающе грубой уличной песни на амстердамском диалекте до возвышенной филиппики — достигает она в стихотворных сатирах — форме, никем не повторенной («Вечерня гёзов», ок. 1619, «Роммельпот в курятнике», 1627, «Гарпун», 1630, «Скребница», 1630, и др.). С 1621 г. Вондел не принадлежал ни к какой церковной общине. Спад движения ремонстрантов, их пассивность и примиренчество отдалили от них писателя. Он тяжко переживал крушение политических надежд. В идейно-художественном плане этот переломный момент знаменует собой подъем барочного лейтмотива внутреннего смятения и разорванности. Классицистская идея государственности была поколеблена и отринута самим ходом истории. Но осталось и усложнилось связующее представление о высокой ценности человеческой личности.
Переход Вондела в католическую веру (1641) был не только выражением протеста против авторитарных тенденций кальвинизма. Кальвинизм был духовным знаменем победившего буржуа — торговца, рантье, промышленника. Разрыв Вондела с кальвинизмом должен был, по-видимому, пусть и в весьма противоречивой форме, означать также назревающий протест против незыблемых норм антигуманной буржуазной морали, суть которой обнажалась все более. Относящиеся к этому периоду «Письма святых дев-великомучениц» (1642) и трактат «Завещание Гроция» (1645), дидактическая поэма «Тайны алтаря» в трех песнях (1645) — биография «обращения» автора, а во многом и позднейшие сочинения на религиозную тему (трактат «Размышления о боге и религии», поэма «Иоанн Креститель», 1662, и др.) не могут поэтому рассматриваться только как теологические опыты вдохновенного и эрудированного прозелита. Не только «нового бога», «тихой гавани», «эстетического в литургии» (есть и такие объяснения), а прежде всего внутренней убежденности, осуждения сребро- и властолюбия, заступничества за страдающих — короче, указания путей к развязке материальных и духовных коллизий бытия искал Вондел в католицизме.
Было бы неверно искать идейную основу вонделовского барокко в Контрреформации. Реформация или Контрреформация — такой дилеммы в конечном счете для Вондела не существовало. Его неодолимое влечение к универсализму не позволяло ему, с одной стороны, отрекаться от своего прошлого, а с другой — ставило выше всякого законченного вероучения, будь то анабаптизм, кальвинизм или католичество. Последнее, на наш взгляд, было у него, как веком раньше у Эразма, сосудом для своеобразного «библейского» гуманизма, приобретшего черты «трагического», обогащенного элементами пансофии (Вондел состоял членом общества пансофов в Гамбурге), и мистицизма XVII в., но также верного идеям пацифизма, экуменизма (перед лицом турецкой опасности), культу нравственного человека. Эразмовская идея синтеза земного и небесного в человеке по-своему развивается, вернее, снимается в барочных произведениях Вондела-драматурга, ибо в XVII в., в усложнившемся мире, где зависимость индивида от природного и общественного бытия обнажилась резче, а буржуазная реальность развеяла социальные прожекты гуманистов, синтез этот становился бесконечно далекой, недостижимой целью, путь к нему — Голгофой, самоусовершенствование — самоотречением. Не случайно герои Вондела представляются некоторым его исследователям префигурантами Христа (Иосиф и Давид, например). Человек Вондела, протагонист его трагедий, нередко бывает украшен терновым венком стоицизма.
