Правительством Мальтийского ордена является Суверенный Совет. Он состоит из Великого магистра, возглавляющего Совет, четырех лиц, занимающих самые высокие посты (Великого командора, Великого канцлера, Великого госпитальера и Хранителя Общей Казны) и шести других членов. За исключением Великого магистра, все они избираются Генеральным собранием на пятилетний срок. Суверенный Совет созывается Великим магистром, его совещания проходят в резиденции Мальтийского ордена по крайней мере шесть раз в год и при возникновении необходимости.
Великий магистр избирается из признанных рыцарей Большим Государственным Советом на пожизненный срок. В соответствии с Конституцией он, как высший религиозный чин и правитель государства, должен полностью посвятить себя деятельности Ордена и показывать пример благочестивой жизни по христианским принципам всем членам Ордена. Он имеет верховные полномочия. Вместе с Суверенным Советом Великий магистр принимает законодательные меры в тех случаях, которые не регулируются Конституцией, провозглашает правительственные постановления, распоряжается средствами Общей Казны, ратифицирует международные соглашения и созывает Генеральное Собрание. Государства, с которыми Орден поддерживает дипломатические отношения, признают Великого магистра как главу государства, с соответствующими прерогативами, иммунитетом и привилегиями. Великому магистру присваивается титул Его Преосвященнейшее Высочество, а Римская Католическая Церковь дарует ему сан кардинала. Резиденцией Великого магистра является, как и местопребыванием правительства Ордена, Магистральный дворец в Риме. Если по какой-то причине избрать Великого магистра нет возможности, избирается Лейтенант Великого магистра, который является его наместником-заместителем. Лейтенант Великого магистра, обладая всеми полномочиями главы Ордена, избирается, однако, не пожизненно, а сроком на один год, после чего проводятся новые выборы.
На сегодняшний день Великим магистром Ордена являлся француз Жан де Вилье. Он был 80-м Великим магистром в истории Ордена.
