Великий командор — религиозный глава Признанных Рыцарей и Рыцарей и Дам — послушников. В его обязанности входит распространение принципов справедливости, курирование Великих и малых Приоратов, составление отчетов в Ватикан о визитах, о состоянии дел и о жизни Ордена и общий присмотр за религиозными аспектами деятельности Признанных Рыцарей и Рыцарей-послушников. В частности, он отвечает за обучение членов Суверенного ордена тому, как правильно выполнять принципы Tuitio Fidei e Obsequium Pauperum (жить по справедливости и заботиться о бедных и больных). Великий командор также отвечает за часовню Дворца Магистра и организацию паломничеств. Он является регентом Великого магистра в случае его смерти, отставки или недееспособности. Сейчас эту должность занимал Его Преосвященство преподобный бейлиф фра Румерштайн, Людвиг Хоффманн фон Румерштайн.
Великий канцлер является главой исполнительной ветви власти. Он отвечает за международную политику и дипломатические миссии Ордена. Он также является министром внутренних дел и отвечает за отношения с сорока семью Национальными ассоциациями Ордена во всем мире. По распоряжению Великого магистра и в соответствии с Конституциональной Хартией и Уставом Великий канцлер уполномочен представлять Орден в отношениях с другими странами, претворять в жизнь политику Ордена, осуществлять руководство внутри Ордена и координировать деятельность Правительства Ордена. На сегодняшний день Великим канцлером Мальтийского Ордена являлся Альбрехт Фон Бозелагер. Его полномочия были подтверждены соответствующим указом Папы Римского.
Великий госпитальер является министром гуманитарной деятельности и международных отношений. Он координирует и руководит деятельностью Великих приоратов, Национальных ассоциаций и прочих организаций Ордена во всем мире, участвующих в благотворительной и гуманитарной работе. Он также следит за тем, чтобы соблюдались христианские принципы заботы о ближнем и уважения человеческого достоинства. Ему помогает Совет, состоящий из представителей тех регионов, в которых Орден проводит свою работу. Сейчас Великим госпитальером являлся Его Превосходительство Бейлиф Большого Креста Чести и Преданности в Послушании фра Доминик, принц де Ларошфуко-Монбель.
