Невольники начали умирать после 9 января, первой умерла «прекрасная рабыня — женщина № 11» — из-за «летаргического расстройства, от которого редко оправляются». Мертвые члены команды были поименованы и захоронены, в то время как умершие африканцы отмечались по номерам, под которыми они фиксировались на борту судна, а их тела просто выбрасывали за борт — акулам на съедение. Боясь эпидемии, Ньютон приказал, чтобы моряки очищали помещения, окуривали судно в течение двух часов и мыли палубы с уксусом. Все же в марте смерти на нижней палубе продолжались: «Мужчина № 6, мальчик № 27, мужчина № 33 — все умерли от лихорадки, которая полностью истребила наши лекарства». Пребывание на побережье затягивалось, скоро должен был наступить сезон дождей, в это время заболела еще дюжина человек; № 100, 79 и 92 умерли. Последнюю из них, юную девочку, Ньютон отослал на берег к черному торговцу, не потому что хотел помочь ей справиться с болезнью, а «чтобы избавить судно от неприятности». Очевидно, она не могла страдать в тишине, как предпочитал капитан. «Герцог Аргайл» теперь имел «печальный вид больного судна», и скоро здесь стало все настолько плохо, что Ньютон был вынужден отменить религиозные службы. Однако к началу мая ситуация стабилизировалась. «Я полагаю, что моя торговля в этом рейсе закончена», — написал Ньютон. Десять дней спустя он бросил якорь в Антигуа, и самая опасная часть рейса была закончена.
Вскоре после того, как африканское побережье осталось позади, Ньютон, возможно, пожалел о своем решении купить рабов, которые подняли мятеж на французском корабле. Вечером 26 мая молодой человек, который находился «весь рейс в оковах», сначала из-за крупной язвы и с тех пор из-за кажущегося хорошего поведения работал на судне и смог передать свайку39 вниз рабам, которые освободили себя от оков. Они сделали это быстро и спокойно, так как «инструмент не производил большого шума», и вскоре почти двадцать человек сломали и сняли кандалы. Однако заговор был обнаружен. Один матрос заявил о том, что видел, как молодой человек передал свайку вниз (хотя почему на это ушло больше часа, осталось тайной). Ньютон немедленно вернул всех мятежников в их оковы. На следующий день он «наказал шестерых из главарей», но не сказал, что именно он с ними сделал. Вероятнее всего, он отхлестал их кошкой-девятихвосткой. Он также приказал, чтобы плотник восстановил переборку в трюме, которую повредили мятежники.
Ньютон полагал, что в этом проявилась «милость Провидения», благодаря чему и он сам, и его команда выжили. «Их заговор был очень хорошо подготовлен, — писал он, — и будь у них времени часом дольше, они причинили бы нам большие неприятности». Он также чувствовал, что он удачно выбрал время: «У меня есть основание быть благодарным, они не делали попытки поднять мятеж, пока мы были на побережье, когда по 7-8 человек из нашей команды отсутствовали одновременно, а те, кто оставались на судне, были крайне заняты». Ньютон также знал, что сопротивление не было прекращено. Рабы «все еще выглядели мрачными и угрюмыми и несомненно имели злой умысел и, если они могли, нашли бы возможность его проявить». Он надеялся, что публичное наказание (независимо от того, каким оно будет) и стрельба из орудий с «Божьей помощью помогут полностью вызвать в них благоговение». На повестке дня встало устрашение.
Несколько недель спустя Ньютон оказался в другой ситуации. Выяснилось, что кто-то из рабов «нашел средство отравить воду в бочках на палубе. Они сумели опустить один из своих “фетишей”, или “талисманов”, без сомнения со злорадным проклятием, в бочку воды». Ньютон полагал, что это было сделано для того, чтобы «убить всех тех, кто пил из этих бочек». Он опасался, что это случилось из-за того, что он дразнил суеверных язычников. Он закончил: «Если Богу будет угодно, чтобы они не делали худших вещей, чем околдовывать нас до смерти, они нам не будут опасны, хотя это и неприятно».
На «Герцоге Аргайле» было несколько смертных случаев среди моряков и рабов, но корабль прошел Средний путь, прибыв в Антигуа 3 июля 1751 г. Ньютон не написал ничего в журнале о продаже этих 146 человек, которых он транспортировал по Карибскому морю. Он отметил деловитым тоном, что забрал новый груз и отправился в обратное плавание в Ливерпуль «битком забитым». На обратном пути он перенес смерть своего друта доктора Роберта Артура, затем ураган, который вынудил моряков вычерпывать воду помпой, чтобы корабль не затонул. Он прибыл в Ливерпуль 7 октября 1751 г. Его судовой журнал заканчивается словами «хвала Всевышнему».
