Геокчайское восстание стало последним из числа крупных антисоветских выступлений в Закавказье. Бандиты теперь действовали в приграничье, в случае опасности укрываясь на сопредельной стороне. Только в декабре 1922 года – 68 нападений на приграничье со стороны Персии. По настоянию Егорова правительству соседней страны по дипломатическим каналам было сделано предупреждение. Тегеран в ответ пошел на арест ряда главарей банд.
В районе границы Армении и Турции удалось пресечь деятельность банды, которая с турецкой территории совершала налеты на армянские селения. Так, в сентябре 1923 года она ограбила у села Шамиран крестьян и расстреляла 24 человека. Егорову пришлось провести в этом районе военные маневры, тем самым отбив охоту «соседям» переходить границу.
За большой личный вклад командующего Отдельной Кавказской армией в борьбу с бандитизмом и создание национальных дивизий Красной армии ЦИК Грузинской и Азербайджанской ССР наградили А. И. Егорова орденами Красного Знамени Грузии и Азербайджана. В 1934 году специальным указом ЦИК СССР они были приравнены к общесоюзному ордену Красного Знамени.
17 августа 1923 года Отдельная Кавказская армия постановлением Президиума ЦИК СССР была награждена орденом Красного Знамени. Теперь она стала называться Кавказской Краснознаменной армией. В этом была большая заслуга ее командующего.
В январе 1924 года Александр Ильич был введен в состав комиссии по обследованию текучести состава Красной армии и состояния ее снабжения. Она была создана по решению Пленума ЦК ВКП(б). Большинство членов комиссии, в том числе и Егоров, не скрывали своей антипатии к главе военного ведомства Л. Д. Троцкому. Проверка была направлена на ограничение власти над армией человека, которого Сталин считал своим личным врагом.
Комиссия вскрыла много недостатков в деятельности Троцкого. В марте того же года ЦК партии утвердил новый состав Реввоенсовета СССР, в котором места Троцкому не находилось. 26 января 1925 года народным комиссаром по военным и морским делам и председателем Реввоенсовета был назначен М. В. Фрунзе. Троцкий получил должность председателя Главконцесскома и председателя особого совещания при ВСНХ. Одновременно по предложению Сталина Пленум ЦК предупредил бывшего председателя Реввоенсовета, что в случае продолжения выступлений против его линии он будет удален из Политбюро и ЦК.
Начались перестановки в высшем эшелоне армии. 10 мая 1924 года Совет народных комиссаров СССР утвердил членом Реввоенсовета командующего вооруженными силами Украины и Крыма А. И. Егорова, сменившего на этом посту Фрунзе. Александр Ильич отправился в хорошо знакомый ему Харьков.
31 декабря 1925 года ушел из жизни М. В. Фрунзе. Пост наркома занял К. Е. Ворошилов, который, конечно же, не мог заменить своего предшественника. Начались новые кадровые перестановки. Коснулись они и Егорова: в ноябре 1925 года он назначается военным атташе посольства СССР в Китае, в котором шла своя Гражданская война. В Москву Егоров вернулся весной 1926 года.
Начинались реорганизация и перевооружение Красной армии. Егоров назначается заместителем председателя Военно-промышленного управления. В октябре 1927 года следует назначение командующим Белорусским военным округом. В Минске он пробыл до апреля 1931 года. Свою состоятельность на этой должности он доказал на бобруйских маневрах, проведенных в 1929 году, которые получили самую высокую оценку Реввоенсовета.
В начале 30-х годов реорганизация Красной армии шла полным ходом. 17 апреля 1931 года А. И. Егоров назначается начальником Штаба РККА. 20 июня 1934 года Революционный военный совет СССР упраздняется. Одновременно Народный комиссариат по военным и морским делам преобразуется в Народный комиссариат обороны СССР. 22 ноября того же года создается Военный совет как совещательный орган при наркоме обороны.
В 1935 году Штаб РККА в связи со значительным повышением его роли преобразуется в Генеральный штаб. Первым его начальником стал Александр Ильич Егоров. Он же в числе первых пяти человек был удостоен высшего воинского звания Маршал Советского Союза. На XVII съезде ВКП(б) вводится в состав ЦК партии.
Когда в ноябре 1935 года отмечался 50-летний юбилей А. И. Егорова, приказом наркома К. Е. Ворошилова его имя было присвоено 37-й стрелковой Новочеркасской дивизии. Теперь она стала именоваться 37-й стрелковой Новочеркасской дивизией имени товарища Егорова.
На новом посту А. И. Егоров становится видным военным теоретиком своего времени. Из-под его пера вышли такие труды, как «Львов – Варшава. 1920», «Взаимодействие фронтов», «Разгром Деникина», «Киевское сражение 1920 года». В высшем командном звене проходит обсуждение тезисов его доклада «Тактика и оперативное искусство РККА на новом этапе». Проводятся крупные военные маневры Киевского (1935) и Белорусского (1936) военных округов. В феврале 1937 года Егоров был отправлен с официальным визитом в Литву, Латвию и Эстонию.