1 июня 1992 года Чубайс стал заместителем председателя правительства по вопросам экономической и финансовой политики, в декабре того же года – первым заместителем, и он по-прежнему ведал управлением государственным имуществом, то есть отвечал за разработку и реализацию программы приватизации. Понимал ли он тогда, что станет человеком, которого всю жизнь будут обвинять в распродаже России? Наверное, понимал. Так или иначе под руководством Чубайса была разработана новая программа приватизации, которую утвердил своим указом президент. Чубайс (как и Гайдар) был сторонником приватизации за деньги, поскольку она позволяла быстрее передать предприятия в руки «эффективных собственников» и сократить дефицит государственного бюджета. И такая приватизация (главным образом, путем открытых аукционов) пошла с середины 1992 года, и за год появилось 50 тысяч частных предприятий: магазины, кафе, ателье, парикмахерские и т. п.
Но это была так называемая «малая приватизация». Провести же в денежной форме «большую приватизацию» оказалось невозможно: у населения не было денег на выкуп государственной собственности. Однако Чубайс категорически отвергал бесплатную передачу собственности трудовым коллективам. Он считал, что трудовые коллективы, став собственниками, направят основную часть прибыли не на развитие производства, а на индивидуальное потребление. Что произошло потом, мы хорошо знаем: ваучерная приватизация провалилась, простому народу ничего не досталось. Было выдано 144 млн ваучеров людям, не сведущим в экономике, которые оказались, по сути, отданными на произвол недобросовестных дельцов. «Народная» приватизация превратилась в «олигархическую». При этом Чубайс заявлял, что через несколько лет ваучер будет стоить как два автомобиля «Волга», и многие люди верили ему. Впоследствии они оказались сильно разочарованы итогами приватизации и проклинали Чубайса как главного виновника происходящего. Сам он потом писал: «Две “Волги” за ваучер – это ко мне, видимо, припечаталось на всю оставшуюся жизнь».
Позже Чубайс признавал, что в ходе ваучерной приватизации он и его соратники допустили «завышенные оценки стоимости чека» и «перебрали с пропагандой». Так или иначе, простой народ не получил ничего, и Чубайса возненавидели уже окончательно.
В ноябре 2004 года в интервью The Financial Times Чубайс признал, что «недооценил то глубокое чувство несправедливости, которое зародилось в людях». Позже он оправдывался тем, что в стране тогда не было четких правил, установленных сильным государством, что в России не было ни государства, ни правопорядка… Но зато он быстро возродил в стране частную собственность и частную предпринимательскую деятельность, которая «до того» считалась уголовным преступлением.
А еще Чубайсу до сих пор предъявляют претензии за так называемые залоговые аукционы, в результате которых наиболее ценные российские ресурсы были проданы «с молотка» принадлежащим олигархам банкам.
К началу девяностых годов криминализация экономики достигла невиданного размаха, в сравнении с которым вчерашние махинаторы и цеховики казались жалкими воришками. В уголовных делах о хищениях фигурировали десятки миллиардов рублей, мелькали фамилии новаторов нового мышления и высокопоставленных правительственных функционеров. За бесценок продавалось стратегическое сырье, военная техника, энергоносители, лес, лицензии на разработку месторождений. Банки проводили аферы с авизовками, перекачивая на Запад миллионы долларов, с молчаливого попустительства государственных чиновников процветали финансовые пирамиды, доводившие обманутых вкладчиков до самоубийств и угроз террористических актов. На фальшивых аукционах по смехотворным ценам скупались индустриальные гиганты мирового масштаба, а коррупция приняла такие размеры, что бывший мэр столицы Г. Попов предложил регламентировать мздоимство и тем самым решить проблему взяток.