И пока Путин общался с политиками в Букингемском дворце и подписывал соглашение между British Petroleum и ТНК, что Тони Блэр воспринял как гарантию «долгосрочной уверенности Британии в России», государственная машина закрутилась. Прокуратура предприняла первую атаку на ЮКОС, и все выглядело так, словно к Путину это не имело отношения. В сороковой день рождения Ходорковского глава отдела безопасности компании Алексей Пичугин был арестован и обвинен в убийстве семейной пары, которая, как считали правоохранители, пыталась шантажировать его в связи с его приказом ликвидировать другого работника «Менатепа». Угроза Кремля обретала реальные черты. Однако если бы через неделю не задержали более известного деятеля, арест Пичугина остался бы незамеченным. Но теперь был арестован Платон Лебедев — саркастичный бессменный помощник Ходорковского, председатель совета директоров Group MENATEP и серый кардинал всего бизнеса. Мир Ходорковского начал рушиться.
Лебедева взяли прямо на больничной койке, из больницы его вывели уже в наручниках. Ему предъявили обвинение в присвоении 20 % акций гигантского производителя удобрений «Апатит» — первого крупного предприятия, приватизированного «Менатепом». Об аресте сообщили все СМИ, и за один день рыночная стоимость ЮКОСа уменьшилась на 2 миллиарда долларов. Тогда же в отношении компании было возбуждено еще одно уголовное дело, связанное с приватизацией ВНК. Другого исполнительного директора компании вызвали на допрос. Расправа с Ходорковским началась.
В то лето новости о ЮКОСе не сходили с первых полос. Прокуратура вела расследование, акции компании падали. В конце июля, за четыре дня до возвращения Ходорковского из США, куда он ездил договариваться об инвестициях, Пичугину были предъявлены еще четыре обвинения — в убийстве и покушении на убийство. Самые жуткие кошмары Ходорковского становились явью. Под расследование попали не только покушения на Евгения Рыбина из-за акций ВНК, но и убийство мэра Нефтеюганска, где располагалось представительство компании. После приобретения ЮКОСа «Менатепом» у Ходорковского начался длительный конфликт с мэром города Владимиров Петуховым, которого застрелили по пути на работу 26 июня 1998 года. Поползли слухи о том, что убийство могло быть организовано услужливым помощником в качестве подарка на день рождения Ходорковского.
Пытаясь оптимизировать расходы, ЮКОС решил отделить сервисные компании, на которых трудились 30 тысяч жителей Нефтеюганска, и сделать их независимыми предприятиями. Петухов написал письмо Ельцину и пожаловался на то, что с приходом ЮКОСа налоговые сборы города резко упали. На улицы вышли тысячи горожан и открыто обвинили Ходорковского в организации убийства мэра. Однако, по словам журналиста из
Ходорковский категорически отрицал любую причастность к убийствам и покушению на убийство — и свою, и своих партнеров. В случае с мэром Нефтеюганска юристы компании указывали на опасные чеченские группировки, частично завладевшие экспортом ЮКОСа, которых позже вытеснили сотрудники Ходорковского. Затем, когда стало очевидно, что люди, с которыми Ходорковский боролся за ВНК, связаны с КГБ, один его приближенный предположил, что убийства могли быть организованы управляющими ВНК из КГБ, чтобы запятнать олигарха.
Ходорковский рассчитывал на поддержку США. Вскоре после ареста Лебедева он отправился в американское посольство и на фоне развешанных в честь Дня независимости звезднополосатых флагов заявил репортерам, что, по его мнению, конфликт с государством долго не продлится. Затем полетел на конференцию в Сан-Валли, штат Айдахо, где по-дружески пообщался с Биллом Гейтсом и Уорреном Баффетом.
Вернувшись в Москву, он снова решил поднять ставки и заявил национальному телевидению, что продолжение атак на его организацию приведет к утечке капитала из России, разрушит инвестиционный климат и вернет страну в тоталитарное прошлое.
Однако заигрывания Ходорковского с США только больше обозлили Кремль. В сентябре Путин планировал важный государственный визит в Америку и переговоры с президентом Джорджем Бушем в Кэмп-Дэвиде. Для всех, кто считал, что Путин может повлиять на прокуратуру, был подготовлен жесткий ответ. Журналистам в США он сказал, что речь идет об убийствах. И спросил:
— Как я могу в таком случае вмешиваться в работу прокуратуры?
