Вскоре после своего назначения на должность начальника Генштаба Б.М. Шапошников написал обстоятельный доклад К.Е. Ворошилову, в котором указывал, что боевую подготовку войск в мирное время необходимо организовывать и контролировать Штабу РККА, ибо именно он будет руководить ими в случае войны. Дело в том, что на тот момент мобилизационной работой помимо штаба занималось ещё и Главное управление РККА. В Результате была создана специальная комиссия для рассмотрения проекта реорганизации центрального военного аппарата. В январе 1930 года Реввоенсовет принял постановление о передаче Штабу РККА всей мобилизационной работы. Начало было положено. В дальнейшем централизация продолжалась, и Генеральный штаб стал единственным органом, руководящим жизнью и боевой деятельностью Вооруженных сил Советского Союза.
Настаивая на создании единого военного центра, Шапошников прекрасно понимал, что в будущей войне результат будет зависеть от уровня деятельности штабов не меньше, чем от выучки и героизма войск.
На заседании Реввоенсовета СССР он особо подчеркивал: «Штабная работа должна помогать командиру организовывать бой и являться первейшим органом, через который командир проводит свои решения».
Шапошников отстаивал чётко сформулированную мысль «штабной работник — это тот же строевой командир, который по нашим уставам остается заместителем командира в случае его убыли».
При этом он «не есть какой-то особой породы человек, который с пером за ухом, как раньше рисовали на картинках, четко выводит решения на хорошей бумаге. В современных условиях без чётко сколоченного штаба нельзя думать о хорошем управлении войсками».
Шапошникову было поручено разработать первый пятилетний план военного строительства, а также систему стратегического развёртывания на случай войны. В эти месяцы, как вспоминал всё тот же сотрудник штаба Ладухин, Шапошников работал до 3–4 часов утра. Уходя, он предлагал Ладухину ехать с ним: «Хочу, голубчик, немножко проветриться. Поэтому раньше отвезу домой вас». Сначала на Тверской бульвар, где жил офицер, а затем уже на Пречистенку, где была квартира Бориса Михайловича.
Общевойсковые учения, организованные штабом, проводились регулярно. О крупных всеармейских учениях 1929 года на территории Белоруссии, рассказал Матвей Васильевич Захаров, служивший в то время в Оперативном отделе штаба округа: «Руководил маневрами нарком К.Е. Ворошилов, а основным организатором их был начальник Штаба РККА Б.М. Шапошников. Привлекалось много войск из различных округов, прибыло большое количество командиров всех рангов. Для непосредственного руководства был создан специальный штаб».
Захаров вспоминал, что штабным сотрудникам в такие дни приходится туго. «Самых разнообразных поручений такое множество, что кажется — никогда с ними не справишься. Однако же дело шло, и весьма успешно. В чем хитрость? Не ошибусь, сказав: это Борис Михайлович Шапошников спокойно, методично сумел распределить обязанности и организовать работу. Всеармейские учения остались у меня в памяти образцом порядка, чёткости и умелого руководства штабом и войсками».
Захаров признался, что сначала мнения о Шапошникове «и умница необыкновенный, и в работе самозабвенен, и очень корректен в обращении», считал преувеличением. «Но уже в период белорусских манёвров мне пришлось воочию убедиться, что всё это действительно так».
На разборе всеармейских учений Борис Михайлович выступил с итоговым докладом. «Обращали на себя внимание меткость его наблюдений, глубина проникновения в сущность происходивших на «поле боя» процессов. Он детально разобрал и охарактеризовал действия «воюющих» сторон, чётко сформулировал выводы, которые следовало сделать для дальнейшего повышения боеготовности войск, оперативной подготовки командного состава и штабов».
Шапошников был противником агрессивной политики, но при этом делал всё необходимое для укрепления военной мощи Советского Союза и подготовки армии к предстоящим сражениям.
1927 год был переломным в советской истории. По многим показателям. О попытке переворота мы уже рассказывали. Были и другие судьбоносные события. За организацию оппозиционерами нелегальной типографии и нелегальной октябрьской манифестации Зиновьева и Троцкого исключили из партии. Вскоре Троцкий был отправлен в ссылку в Алма-Ату.
Правительство Великобритании в середине 1927 года разорвало дипломатические отношения с Москвой. На Западе ужесточилась антисоветская пропаганда. Троцкий заявил о своей решимости в случае войны сделать всё возможное для свержения Сталина. У него ещё сохранялось много влиятельных сторонников среди руководителей партийных, хозяйственных и карательных органов. Началась непримиримая борьба за влияние в армии.
После Гражданской войны в Красной армии оставалось около 50 тысяч офицеров и генералов старой армии. По данным НКВД примерно четвёртую часть из них составляли бывшие белогвардейцы, перешедшие на сторону красных. Вот по ним и был нанесён основной удар.
