Однако покаяние и благие порывы царя вскоре приняли странную и страшную форму. К монашеской жизни царь обратился не один, но со свитой опричников. В Александровской слободе, в часы свободные от своей кровавой работы, опричная братия усердно вела монашескую жизнь. Рано поутру царь с фонарем лез на колокольню, где его уже ждал главный палач Малюта Скуратов, собственноручно убивший до полутора тысяч человек и задушивший опального митрополита Филиппа. Царь со Скуратовым били в колокола, созывая братию на молитву. В царском монастыре Скуратов служил пономарем. Сам же царь состоял здесь игуменом. После нескольких часов молитвы и пения в церковном хоре, опричники шли обедать. Игумен во время еды смиренно стоял подле монахов. Недоеденную пищу выносили нищим и калекам. Так помонашествовав несколько дней, царский двор вновь возвращался к своим прежним делам.
Сведения об обвиненных в заговорах и убиенных во время опричнины сохранились во многом благодаря набожности царя. В периоды отчаянья и раскаянья Иван Грозный приказывал монахам молиться за всех казненных им людей. Те обращались в опричные архивы и составляли списки для поминальных молитв. Сами опричные архивы до сегодняшнего дня почти не сохранились, однако осталось множество поминальных списков. Среди них есть и такие: «Помяни Господи 1505 человек, а имена их ты сам Господи все знаешь».
В заговорах против царя обвинялись не только бояре и простой городской люд, но и духовенство. Так, после протеста митрополита Филиппа против массовых казней, было перебито все монашеское и светское окружение митрополита. Людей убивали прямо на улице безо всякого суда. Суд состоялся лишь над самим митрополитом. Перед судом царь приказал отправить митрополиту мешок, в который была зашита голова его родственника боярина Колычева, также обвиненного в заговоре. В этом же 1568 году по подозрению в заговорах опричники убили несколько сот человек. Один из их отчетов гласил: «Отделано (убито) 369 человек июля по шестое число». В это же время в государстве начались страшные стихийные бедствия. В 1568–1569 годах из-за непогоды погиб весь урожай, в стране начался голод. По летописным данным от голода умерли тысячи людей. Историки пишут, что в деревнях началось людоедство. Затем в 1570 году в стране вспыхнула эпидемия чумы, занесенная с Запада. В Москве чума уносил ежедневно до нескольких сот жизней. Мор продолжался целый год. Особенно тяжелое положение было в новгородских землях. Явившиеся туда писцы писали— «Про земли расспросить в том погосте не у кого, потому что попов и бояр, и крестьян нет». Это страшное время усугубилось массовой новгородской резней, устроенной Иваном Грозным, обвинившим в измене целый город.
Перед новгородской трагедией, после раздора с митрополитом и в страхе перед заговорами, царь покинул Москву и вновь переселился в Александровскую слободу. Иностранным послам было дано разъяснение, что царь удалился по своей воле, «для своего прохладу», и управляет государством из своей сельской резиденции. В 1569 литовские войска захватили Изборскую крепость, которая была сдана в результате предательства. Потеря крепости ввергла царя в панику. Он начал чувствовать опасность предательства уже не только со стороны бояр, но и народа. Усилившиеся признаки недовольства населения новгородских и псковских земель вызвали подозрения, что Псков и Новгород скоро последуют примеру Изборска. Чтобы предотвратить возможную измену, опричники изгнали из Пскова 500 неблагонадежных семей и 150 из Новгорода. Всего было выслано около 3 тысяч человек, включая детей и женщин. В это же время послы доносят Грозному о дворцовом перевороте в Швеции, в результате которого был свергнут союзник русского царя Эрик XIV.
