Царствование Эрика также характеризовалось казнью многих знатных дворян, после чего он стал бояться «от своих бояр убивства» и тайно просил русских послов при необходимости принять его на Руси. Шведские события усилили страхи русского царя. У опричников возникла идея, что люди Пскова и Новгорода готовы последовать примеру Стокгольма и поддержать любой антиправительственный мятеж. Роль мятежных шведских герцогов мог взять на себя брат царя, князь Владимир Андреевич, державший в Новгороде свой двор и свиту. Однако после канонизации братьев Бориса и Глеба братоубийство считалось на Руси страшным грехом и святотатством. Поэтому просто казнить своего брата Грозный не мог. Тогда по приказу царя он был вызван в Александровскую слободу, где его арестовали опричники. Перед арестом князя опричники схватили его повара и при обыске обнаружили у него порошок, оказавшийся ядом, которым тот якобы хотел отравить царскую семью. В результате князю Владимиру было предъявлено обвинение в сговоре со своим поваром и покушении на жизнь царя и его детей. После очной ставки с дворцовым поваром и короткого разбирательства князь Владимир и его семья были приговорены к смерти. Однако помятуя о Борисе и Глебе, царь Иван не допустил к своему брату палачей, а принудил его к самоубийству. Владимир выпил кубок с отравленным вином. Вместе с князем были отравлены его жена и девятилетняя дочь. Казнены были и все остальные участники процесса. И уже после этого, в конце декабря 1569 года, царь объявил опричникам о великой измене новгородцев.
В начале января 1570 в Новгород во главе с царем отправляется огромный карательный отряд. Сами новгородцы пока еще не знают о подписанном им приговоре. Прибывшего царя на мосту через Волхов встречало новгородское духовенство с крестами и иконами. Приблизившись к новгородской процессии, царь объявил архиепископа изменником, отказался от его благословения, однако отправился вместе с ним на службу в Софийский собор. После службы опричники вынесли из собора все иконы и ценности и выломали из алтаря древние Корсунские ворота. После этого в городе началась бойня.
Новгородская трагедия подробно описана автором, имя которого не сохранила история. Однако книга его осталась— «Повесть о погибели Новгорода». Сохранились также немецкие источники, составленные из рассказов очевидцев этой страшной трагедии, впоследствии бежавших заграницу. Эти рассказы были опубликованы во Франфурте-на-Майне в 1572. Все источники восстанавливают одну и ту же картину бесчеловечных пыток и казней жителей Новгорода. Очевидцы сообщали, что опричники бросали связанных людей в Волхов, а курсирующие на лодках палачи добивали их баграми и заталкивали тела под лед. Не жалели никого, ни женщин, ни детей. Опальных подвешивали за руки и жгли в огне. Прежде всего искали архиепископских приближенных, новгородских служилых людей, детей боярских, а также приезжих и купцов. Опричники методически истребили сначала всех семейных подьячих с женами и детьми, затем холостых приказных (чиновников) Новгорода. В списках для отпевания эта группа фигурирует, как «новгородские подъячии неженатые».
После расправы в Новгороде царь отправился по монастырям в окрестностях города. Опричники в присутствии царя грабили монастырские хозяйства, забирали иконы, снимали колокола. Настоятелей и старцев секли палками. По данным летописей, было разорено 27 монастырей. Все награбленное имущество опричники продавали здесь же на городских рынках.
Разделавшись с новгородцами, опричное воинство направилось в Псков. Жители города выразили царю полную покорность. На улицах его встречали хлебом солью. Всю свою ярость царь выплеснул на местное духовенство. Печорскому иегумену, вышедшему навстречу царю, отрубили голову. Псковские церкви были разграблены дотла. Однако массовой бойни во Пскове не произошло. Предание гласит, что на псковских улицах царь встретил юродивого, и тот крикнул царю, чтобы он скорее отправлялся восвояси, иначе не миновать беды. Царь не внял словам «божьего человека» и приказал опричникам снять колокол с Успенского собора. В тот же миг под царем рухнул конь. Охваченный страхом и тяжкими предчувствиями, царь срочно покинул Псков. Однако псковичи стали жертвой царских палачей еще до приезда царя в город. Незадолго до этого из Пскова были высланы пол-тысячи семей. Часть беженцев по дороге была встречена царским опричным воинством. В результате расправы около 200 семей были вырезаны вместе со стариками, женщинами и детьми.
