Когда Совет Семидесяти назначил Коэна новым генерал-губернатором своих операций в Ост-Индии, вокал все еще стоял на зыбком фундаменте. После более чем десятилетней войны и многочисленных соглашений, подтверждающих их монопольные торговые права, многие голландские торговцы зашли слишком далеко от своих хозяев. Они отказывались признавать культурные и религиозные традиции своих хозяев и раздражали других своей грубостью и постоянными ссорами, в том числе с другими иностранцами, такими как англичане и китайцы. Были нападения на купцов и корабли воков. Другие народы, в Амбоне и на островах Банда, продолжали нарушать подписанные соглашения о монополии и тайно торговали с английскими, китайскими и малайскими купцами. Когда в 1618 году испанские и португальские пленники сбежали с корабля воков и искали защиты в форте английской компании в Бантаме, это вызвало открытый разрыв хрупкого мира между голландской и английской компаниями, и они начали стычки друг с другом на улицах.
Коэн с гордостью рассказывал о хаосе, который он посеял: "В один день они угрожают, что приплывут в Банду и отомстят, а в другой говорят, что нападут на наши корабли в море. Дома они рассчитывают поквитаться с нами путем репрессий в Ла-Манше и собираются разбить нам головы. Ежедневно они придумывают новые угрозы, что ясно показывает, что они совсем запутались". Притворство мирного бизнеса было отменено.
Коэн всегда ненавидел Бантам за его приторный, затхлый воздух, поэтому, когда султан Бантама приказал ему прекратить воевать с англичанами, Коэн распорядился перенести свой штаб из Бантама на восемьдесят километров к востоку вдоль того же побережья в маленький городок Джакарту, где его радушно принял принц. Однако Коэн пробыл в Джакарте недолго, когда по его приказу небольшая английская фабрика в городе была сожжена и разрушена. Неожиданно прибыл флот английской Ост-Индской компании во главе с сэром Томасом Дейлом. Он приказал одиннадцати своим кораблям блокировать семь кораблей Коэна в порту и потребовал от Коэна капитуляции. Несмотря на то, что его численность была меньше, Коэн отказался.
После нескольких дней заминки 2 января 1619 года началась морская война между кораблями двух компаний. Они выстроились в боевой порядок перед Джакартой и пронеслись мимо друг друга в "жестокой кровавой схватке". Все судоходство в индонезийском порту остановилось, когда загрохотали тысячи пушек, едкий дым заволок воздух, а сотни людей были разорваны осколками дерева, искалечены летящими гранатами и застрелены снайперами в такелаже. Когда флоты разошлись на ночь, стало очевидно, что флот английской компании одерживает верх над кораблями воков. В ту ночь Коэн созвал своих капитанов на военный совет, чтобы обсудить их слабую позицию, обусловленную побитыми кораблями, многочисленными ранеными и истощенными запасами боеприпасов. Когда на следующее утро прибыли еще три корабля английской компании, Коэн, скрипя зубами от унижения, приказал людям на заводе в Джакарте защищать склад до смерти, а затем дал сигнал своим кораблям повернуть и бежать перед превосходящими силами ненавистного врага. Такого он еще никогда не делал.
Когда его потрепанный флот поднял паруса и направился к Молуккам, где он планировал перегруппироваться и собрать более сильный флот из кораблей, стоявших в его многочисленных торговых точках по всему региону, Коэн, хмурясь от досады, удалился в свою каюту. Костлявой рукой, сжимающей перо, он набросал письмо Совету семнадцати, в котором порицал их за то, что они не предоставили ему достаточно людей, кораблей и оружия. Нетрудно разглядеть высокомерие, скрывающееся за его едким посланием: "А теперь посмотрите, что произошло... Клянусь, что никакие враги не принесут нашему делу большего вреда, чем невежество и глупость, существующие среди вас, господа!" - писал он своим начальникам.
Но затем для Коэна все изменилось с плохого на хорошее. Сэр Томас Дейл, беспечный, нецеленаправленный и неспособный объединить независимых капитанов своего флота, позволил Коэну сбежать, а затем провалил штурм форта. Дейл приказал своим кораблям не преследовать остатки разбитого флота Коэна. Вместо этого он направился к побережью Индии, где через несколько месяцев умер от болезни. Некогда могущественный флот английской Ост-Индской компании рассыпался, отчасти из-за неудобной структуры управления английской компанией. Флот Дейла не был по-настоящему подчинен ему: он полагался на убеждение, поскольку каждый капитан отвечал за прибыль или убытки своей экспедиции, не имея всеобъемлющей или скоординированной корпоративной директивы и не имея долгосрочного финансирования.
