Вскоре он объявился в окружении Хаттаба. Вместе с Хаттабом, единственным, с кем у него на тот момент не было конфликтов, он создал в Урус-Мартане центр по подготовке диверсантов. Выпускниками центра стали в числе прочих Ачимез Гачияев и другие причастные к взрывам жилых домов в Москве, Буйнакске, Волгодонске террористы. (В период с 4 по 16 сентября 1999 года по российским городам Буйнакск, Москва и Волгодонск прокатилась серия террористических актов, в результате которых были взорваны жилые дома вместе с их жителями. Взрывы производились в основном в ночное время, когда люди спали в своих квартирах. Всего в ходе этих террористических атак погибли 307 человек, более 1700 получили ранения различной степени тяжести, многие из раненых остались инвалидами. Согласно провозглашенным приговорам террористические акты были организованы Хаттабом и Абу Умаром, исполнителями выступили боевики из повстанческого отряда, возглавляемого указанными лицами так называемого Исламского института «Кавказ». В настоящее время все исполнители террористических атак на жилые дома, по утверждению официальных представителей ФСБ, уничтожены.)
3 декабря 1997 года Радуев заявил по поводу Хасавюртовских соглашений: «Я не верю в этот мир. Это просто политическая игра. Надо немедленно и окончательно расставить все точки над «и»: или Чечня будет полностью независимым государством, или давайте не будем обманывать и российский, и чеченский народ и скажем честно: «Не будет никакого государства! Ничего не стройте: через 5 лет снова будет война, и мы все разрушим. Чем дольше мы будем вести переговоры, тем сильнее и глубже нас втянут в эту политическую игру и интриги. Поэтому я противник любого мира, если он не основан на полной независимости Ичкерии. Если мы войной не смогли добиться независимости, то никогда ее не добьемся политическими методами. Пусть гибнут чеченцы! Я, например, так считаю: или нация будет свободна, или, если мы не сумеем завоевать свободу, пусть все идет к Аллаху. Третьего пути у нас нет». Его слова словно списаны из речи Адольфа Гитлера непосредственно перед самоубийством в подземном бункере, когда советские войска штурмовали Рейхстаг.
В 1998 году Радуев был вновь тяжело ранен. Его опять подорвали в автомобиле. К нему в больницу приехали Басаев и Яндарбиев. Радуев был возмущен таким лицемерием. Он выставил их за дверь и кричал им вслед: «Сначала меня взрываете, а потом приходите узнать, умер я или нет?! Не дождетесь!!!»
Радуев был не просто в оппозиции к Масхадову, он был в военной оппозиции к нему. Он полагал, что Масхадов — слабый президент, которым в своих интересах манипулируют ваххабиты во главе с Яндарбиевым и Басаевым. Совершенно понятно, что Радуев считал себя потенциально лучшим президентом, чем Масхадов. Наверное, он полагал, что, учитывая его родственные связи с Дудаевым, пост президента должен был перейти к нему, что называется, по наследству.
Тем временем «независимая» прокуратура Чечни в ходе следствия установила, что все покушения явились следствием незаконной деятельности Радуева по контрабанде бензина из республики. Наверное, целью такой дискредитирующей кампании было лишить Радуева даже малейшего влияния в Чечне. Это удалось. О нем забыли. Даже во время нападения террористических чеченских отрядов на Дагестан в 1999 году Радуев от операции был отстранен. Радуев снова был вовлечен в орбиту вооруженного противостояния только после начала Второй Чеченской войны. При этом он не входил ни в одну группировку, подконтрольную Масхадову, и действовал сам по себе. Дни его были сочтены.
Будучи вне боевых террористических операций, Радуев на свой страх и риск начал планировать серию диверсий в российской глубинке. Он не мелочился — объектом его атак должны были стать ядерные реакторы. Радуев создал несколько мобильных групп по 15 человек в каждой. Они проходили усиленную подготовку в специальных лагерях Хаттаба, но до боевых операций дело не дошло. Никто не стал спонсировать откровенно авантюристические замыслы вконец потерявшего связь с реальным миром Радуева.
С ноября 1999 года Радуев включился в самостоятельные боевые действия против Вооруженных Сил РФ, которые он ни с кем не согласовывал. Просто ставил в известность Масхадова и Басаева, чтобы случайно не вступить в бой против них. Ни тому ни другому это не нравилось, но поделать они ничего не могли. Более того, своими анархистскими действиями Радуев вносил дезорганизацию в боевые операции террористов, что было на руку федеральным войскам. Таким образом, как это ни парадоксально, Радуев помогал Вооруженным Силам России сломить сопротивление мятежников. Может быть, в том числе и поэтому сами террористы «сдали» информацию о местонахождении Радуева специальным службам. Они наивно полагали, что тем самым сумеют сплотить свои ряды.
