К 1526 г. в Чехии утвердилась политическая система, которую принято называть дуализмом власти. Этот баланс двух центров власти — сословий, представленных на сейме и в системе государственных институтов, и короля, сохранявшего верховные прерогативы, — обеспечивал внутриполитическую стабильность «королевства разделенного народа» (т. е. гуситов и католиков) на основе системы земских законов и традиций, фактически обеспечивавших приоритет сословий. Фердинанд I пришел с новой концепцией власти, предусматривавшей резкое усиление власти короля в сторону абсолютизма, что определило противостояние сословий и короля на протяжении всего XVI в. Возобновив после столетнего перерыва избрание пражского архиепископа, Фердинанд I поднял престиж Чешского королевства. Однако это способствовало и конфессионализации внутриполитической жизни, ознаменованной расколом гуситства на староутраквизм (консервативные гуситы) и новоутраквизм (гуситы, склонные к лютеранским новшествам), распространением лютеранства среди немецкой части горожан, активной политизацией Общины чешских братьев, прибытием в Чехию иезуитов. Общество стало поликонфессиональным. Установившаяся толерантность, конечно, была вынужденной, но ее компромиссный характер все же обеспечил внутреннюю стабильность, исключавшую религиозные войны. Протестантские «партии», при всех их разногласиях, осознавали себя единым фронтом, выступавшим против усиления габсбургского абсолютизма, который опирался на возрождение католицизма в стране. Католическое дворянство стало группироваться вокруг короля, составляя «королевскую партию», хотя его наиболее видные представители (Пернштейны, Вилем из Рожмберка, Лобковицы и др.) соблюдали дистанцию по отношению к трону, преследуя собственные цели. Сохранению баланса сил способствовал традиционный для послегуситской Чехии паритет в представительстве католиков и протестантов на высших земских должностях.
Активизация политики абсолютизма неизбежно вела к конфронтации и конфликтам. Первое столкновение короля и сословий произошло в 1547 г., когда в ходе Шмалькальденской войны в Германии Фердинанд I попытался привлечь к военным действиям Чехию, но встретил решительный отпор депутатов сейма, не желавших воевать против «саксонских единоверцев». Политический отпор перерос в противостояние армий короля и сословий, приведшее к захвату королевским наемным войском Праги и восстанию в городе. Подавив пражское восстание, Фердинанд I использовал ситуацию для ослабления сословий, прежде всего экономически и политически сильных городов, а также радикальной части дворянства и Общины чешских братьев. Удар по городам настолько их ослабил, что в дальнейшем они уже не смогли сохранить за собой роль главной силы оппозиции. Плодами своей победы Фердинанд I не смог воспользоваться в полной мере: он покинул некогда любимую им Прагу и в 1556 г. стал императором. Восстание 1547 г. по сути не нарушило дуализма власти, хотя внутри сословий ведущая роль перешла к аристократии из среды Общины чешских братьев. Именно ее активность привела к новому обострению отношений в 1575 г., когда она потребовала от Максимилиана II утверждения равноправия всех христианских конфессий в стране. Борьба за Чешскую конфессию в 1575 г. не вышла за парламентские рамки, сам документ получил лишь устное одобрение монарха.
Ситуация устойчивого равновесия при подспудно сохранявшейся конфронтации в политике обеспечила экономический подъем государства. Богатство и роскошный образ жизни горожан, основанные на активной торговой деятельности, в конце XVI — начале XVII в. достигают апогея. В это время ремесленное производство входит в период стагнации, а торговля ограничивается местными рынками. В аграрной сфере начинают формироваться латифундии (панства) представителей аристократии, экономически усиливавшие политический вес знати. В таких панствах в XVI в. вводятся новшества, связанные с организацией хозяйства и повышающие его доходность. Одной из таких инноваций становится создание системы искусственных прудов, озер и протоков, существенно изменившей ландшафт Южной и Восточной Чехии. Она улучшила орошение полей и привела к созданию новой отрасли хозяйства — рыбоводства, занявшего важное место в хозяйстве. Появляются специальные трактаты о разведении рыб, осуществляются масштабные гидротехнические проекты. Экономический подъем дворянства способствовал поддержанию его политической активности и расцвету его меценатской деятельности.
Перемены в политической и особенно культурной жизни страны произошли в правление Рудольфа II (1576–1612).
