В 1821 г. в Мексике на волне недовольства либеральными реформами в Испании к власти пришел Агустин де Итурбиде — католик, военный и землевладелец. В недавнем прошлом убежденный роялист Итурбиде пытался подавить освободительное движение в Новой Испании, но в сентябре 1821 г. он провозгласил независимость Мексики от испанской короны, а в мае следующего года стал «конституционным императором Мексики» Агустином I. Не справившись с ростом республиканских настроений, через год он бежал из страны. Попытка вернуться на родину в 1824 г. окончилась для Итурбиде плачевно: его арестовали и расстреляли. В том же году были обнародованы конституции Мексиканских Соединенных Штатов и «Федеральной республики Центральной Америки» — двух новых государственных образований, возникших на территории бывшего вице-королевства Новой Испании.
В 1821 г. Сан-Мартин захватил Лиму и провозгласил независимость от испанской короны последнего оплота империи — Перу. Судьба Перу окончательно определилась в битве при Аякучо (9 декабря 1824 г.), которая завершилась разгромом роялистов. После нее патриоты освободили Верхнее Перу, где в 1825 г. была провозглашена «Республика Боливара» (впоследствии — Боливия). 22 января 1826 г. капитулировал последний испанский гарнизон в Америке — крепость короля Филиппа в перуанском порту Кальяо. Под властью Испании остались лишь Куба, Пуэрто-Рико и Филиппины. Потеря большей части колоний означала, что Испания больше не является великой державой.
В самой Испании абсолютная власть Фердинанда VII была восстановлена в 1823 г. в результате французской военной интервенции, санкционированной Священным союзом, но восстановление власти Испании в Америке было уже невозможно. В середине 1820-х годов независимые республики в Новом Свете были признаны США и Великобританией, впоследствии — другими европейскими державами. Лишь испанский король до своей смерти в 1833 г. официально не признал ни одно государство, возникшее на территории Испанской Америки — он так и не смог смириться с потерей большей части империи.
Согласно завещанию Фердинанда VII, королевой Испании стала его малолетняя дочь Изабелла, а ее мать Мария-Кристина объявлялась регентшей до совершеннолетия дочери. Брат короля дон Карлос, недовольный изменением порядка наследования, заявил о своих правах на трон и призвал своих сторонников к оружию. Противостояние либералов, поддержавших Марию-Кристину, и консервативных сторонников дона Карлоса вылилось в Первую карлистскую войну (1833–1840).
Помимо внутренних проблем юная Изабелла II и ее мать Мария-Кристина унаследовали лишь «осколки» империи: Балеарские и Канарские острова, Сеуту и Мелилью в Северной Африке, Кубу и Пуэрто-Рико в Карибском море, Филиппины, Каролинские и Марианские острова в Тихом океане. В те годы Испания оказалась на периферии Европы, она превратилась в слабую державу с небольшими колониями, разбросанными по всему свету.
Потеря колоний отразилась и на титулатуре испанских монархов. Карл IV и Фердинанд VII носили титул «короля Испании и Индий», но уже по Конституции 1837 г. Изабелла осталась просто «королевой Испании». После смерти Фердинанда VII Мадрид начал официально признавать бывшие колонии независимыми государствами и устанавливать с ними дипломатические и торговые отношения. Этот процесс растянулся на долгие годы, так как испанцы пытались возместить убытки от конфискации «испанского имущества» и получить торговые привилегии, а бывшие колонии мало доверяли метрополии.
Потеря большей части колоний породила ностальгию по славному имперскому прошлому й оживила имперские амбиции, особенно заметные в среде военных, которые оказывали большое влияние на политическую жизнь страны в эпоху Изабеллы II. Наиболее ярко они проявились во время так называемого «долгого правления» генерала Леопольда О’Доннеля (1858–1863). Укрепление либерального режима и его победа во Второй карлистской войне (1846–1849), а также относительные успехи экономического развития позволили Мадриду проводить более активную внешнюю политику и вновь заявить о себе в мире, в том числе в Новом Свете. Настало время военных интервенций. Испания использовала свои небольшие колонии как плацдармы для военных акций, целью которых было скорее сохранение «осколков» империи, поддержание международного престижа испанской короны и укрепление торгового присутствия, а не приобретение новых владений.
В августе 1858 г. Испания отправила из Манилы небольшой контингент, который вместе с французскими силами оккупировал Сайгон (современный Хошимин). В результате экспедиции в Индокитай, Сайгон перешел под французское управление, а Испания получила лишь свободу торговли в нескольких индокитайских портах и небольшую денежную компенсацию.
